Речь, вдохновившая сторонников широкого просвещения, вызвала раздражение других и дала пищу для новых кривотолков и пересудов. Четырьмя днями позже, 28 ноября, перед началом занятий Коменский произносит вторую речь — «Об искусном пользовании книгами — первейшим инструментом развития природных дарований». С воодушевлением, которое передается ученикам, Ян Амос говорит о книгах: «Словно задушевные друзья, они охотно беседуют с нами и, искренне, без обмана рассказывая по нашему желанию о чем угодно, учат нас, наставляют, ободряют, утешают и как бы зримо являют нам самые далекие от наших глаз вещи. О дивное могущество книг, их величие и чуть ли не божественная сила!»
Ян Амос не только передает свою любовь к книгам, стремясь воспламенить ею своих учеников, он призывает учителей учить, как надо работать с книгами, делится своим опытом, дает советы и рекомендации. Он учит и различать книги, говоря, что надо читать прежде книги реальные, нежели наполненные пустыми словами, то есть те, что толкуют о вещах, нужных для жизни. Гимн Коменского книгам — это гимн человеческой мудрости, культуре, знаниям, постоянному стремлению к совершенствованию. Тем, кому не понравилась первая речь, вторая добавила масла в огонь. Коменский старается не замечать ни разговоров за спиной, ни косых взглядов. Он целиком отдается школьной работе. Пока он пользуется благосклонностью князя и княгини-матери, никто из недоброжелателей и прямых завистников не смеет открыто поднять против него голос.
Занимаясь школьными делами, Коменский одновременно работает над новым сочинением, которому суждено занять видное место среди его трудов. Уже из одного названия, если привести его полностью, очевидно, с какой целью пишется этот педагогический трактат: «Пансофическая школа, то есть школа всеобщей мудрости, — и затем более мелким шрифтом, — учреждение которой было желательно уже многие годы у всех народов и которая теперь под покровительством сиятельного господина Сигизмунда Ракоци счастливо призвана к жизни у Венгров в Шарош-Патаке в 1651 году спасения нашего». Чтобы построить такую школу на практике, Коменский в своем трактате создает проект этой новой пансофической школы второй ступени, дающей полное среднее образование. Он подробно разрабатывает все вопросы организации и работы школы, обосновывает ее цели и задачи, последовательно раскрывает содержание, методы и формы обучения, выдвигает требования к учителям и ученикам. Он предусматривает все, каждую мелочь, могущую иметь практическое значение. Коменский хочет, чтобы не осталось никаких сомнений, чтобы с полной верой в реальность проекта все принялись за дело.