Однако явные и скрытые противодействия Коменскому возрастают. Его противниками становятся даже кое-кто из кураторов школы, в ком он видел своих единомышленников, и среди них ректор школы сам Ян Толнай! И все-таки Ян Амос не сдается, хотя каждый следующий шаг дается со все большим напряжением. Открытую оппозицию среди некоторых влиятельных лиц родовитого дворянства вызывает, например, его требование предоставить равные права на обучение в школе мальчикам и девочкам, всем детям, независимо от происхождения. Совсем другого ждали они от Коменского! Невиданная раньше школа отпугивает демократизмом, новым духом обучения и воспитания, побуждающим учеников — и в их числе детей простонародья! — самостоятельно мыслить, ощущать свое человеческое достоинство! Во всем этом мерещится крамола, даже некая скрытая угроза.
Атмосфера недоброжелательства, сопротивление ректора школы Яна Толная и некоторых учителей заставляют Коменского думать об отъезде. К тому же прошел почти год пребывания в Шарош-Патаке, и Ян Амос получил напоминание из Лешно о возвращении. Он решает уехать и обращается с этой просьбой к Сигизмунду Ракоци. Но молодой князь не хочет об этом и слышать. Предстоит его свадьба с Генриеттой Пфальцской, дочерью последнего чешского короля, и он желает, чтобы венчал их только Коменский.
Бракосочетание состоялось в июне 1651 года. Глядя на Генриетту, стоящую перед ним рядом с Сигизмундом, Коменский вспоминает такой же солнечный летний день тридцать два года назад, когда ее отец Фридрих Пфальцский короновался в Праге, а он сам, молодой, полный сил и надежд, шел в рядах торжественной процессии, со всех сторон несся колокольный звон и толпа пражан приветствовала их радостными криками... Кто мог тогда предположить, что чехи вскоре потерпят это ужасное поражение под Белой Горой, которое ввергнет народ в пучину страданий и бедствий на целые десятилетия, а Фридрих, спасаясь паническим бегством, трусливо примет все условия победителей? Процарствовав лишь одну зиму, он и остался в народной памяти «зимним королем». Может быть, молодой Сигизмунд Ракоци, беря в жены дочь последнего чешского короля, так и не сумевшего вернуть себе власть, осуществит его миссию и явится спасителем чешского народа? С этой мыслью Ян Амос соединяет руки жениха и невесты.
Но надеждам Коменского не дано осуществиться: Сигизмунд не склонен бороться за чешскую корону. Молодому князю, влюбленному в свою жену, довольно богатств и власти, принадлежащим ему по праву рождения, он упивается своим счастьем и ни о чем ином не помышляет. Увы, счастье его кратковременно: через три месяца супружеской жизни от болезни Генриетта умирает. Сигизмунд неутешен. Об освободительном походе в Чехию он не желает и думать, а еще через несколько месяцев от эпидемии оспы, охватившей все княжество, погибает и он сам. А вместе с ним хоть и слабая, но все-таки реальная надежда на близкое освобождение Чехии.