Коменского избирают в совет старейшин общины с обязанностями секретаря, он завоевывает симпатии жителей Лешно. Но теперь Ян Амос не обольщается: он знает по Фульнеку, как круто способна война изменять настроение людей. Как раз в это время тяжкое испытание обрушивается на Лешно: в город приходит эпидемия чумы. Смерть и страх стучатся в двери домов. Паника охватывает жителей. Для заболевших почти нет шансов на спасение. Их вывозят за город и оставляют на произвол судьбы. Мертвых хоронят наспех.
Чехи пытаются бороться с эпидемией, предлагают разумные меры, а их обвиняют в умышленном распространении заразы. Страх мутит людям рассудок, они ищут виновных, вместо того чтобы бороться с бедствием, и виновные находятся — как всегда, это «пришлые». Терпимость оборачивается подозрительностью, ожесточением, ненавистью. Коменский со словами увещевания обращается к населению, но его не слушают. В течение ночи он пишет наставление о борьбе с чумой. Наутро его печатают и раздают населению: простой и ясный смысл наставления, конкретные действия, которые там перечислены, говорят сами за себя. Наставление играет большую роль в объединении усилий, противостоящих эпидемии, и бургомистр города Георг Шлихтинг первым оценивает энергию и мужество чехов.
Постепенно эпидемия отступает, но ее тяжелые последствия еще долго дают себя знать, а в то же время общее несчастье и общая борьба сближают поляков и чехов. Снова Ян Амос убеждается: истина пробивается сквозь глухоту, непонимание, косность мышления. Надо только не опускать руки, трудиться несмотря ни на что с полной отдачей сил... По поручению общины вместе с помощниками он готовит к изданию на чешском языке с переводом на латинский «Устав братства» и «Историю преследований чешской церкви», но Коменского захватывает новая работа, мысль о которой волновала его с юности. Это труд, в котором он мог бы собрать воедино и расположить в стройном порядке все знания о реальном мире, последние научные открытия. Будущая книга должна стать своеобразным продолжением «Двери языков». И если с помощью «Двери языков» юношество, изучая слова, учится различать предметы по внешнему виду, размышляет Коменский, то задуманный труд должен открывать сущность предметов. Пока же мы произносим слова, не зная ничего о предметах, которые называем. Мы являем собой как бы «звучащий металл» или «звенящий колокольчик».
В разгар работы Коменский узнает, что в Ростоке профессор Лауренберг издал книгу под названием «Всеобщая мудрость, или Философское воспитание», которое выражало его собственный замысел. Прочитав эту книгу, представляющую собой всего лишь общий обзор аристотелевской философии, Коменский решает, что вправе взять это название и для своего труда. Так он и называет свое сочинение: «Пансо́фия», что означает «Всеобщая мудрость». Он хочет научить юношество постигать «внутреннюю сторону вещей и исследовать, что есть каждая вещь по своей сущности», то есть научить самостоятельно мыслить, изучать внутренние свойства вещей, закономерности явлений, их развитие, причинную связь. Как всегда, кратко и точно формулирует он свою заветную мысль о неразрывной связи обучения и нравственного воспитания: «...чтобы обнять все, что необходимо знать, делать, во что веровать и на что надеяться».