Никон хочет сослать Аввакума подальше, в Восточную Сибирь, «за его многие бесчинства». Однако царь не соглашается, он отправляет протопопа в столицу Сибири — в Тобольск. Тамошний архиепископ Симеон, давний хороший знакомый Аввакума, просит прислать ему попов «небражников» и «неплутов».
«Протопопица младенца родила, — читаем мы в „Житии“, — больную в телеге и повезли до Тобольска; три тысячи верст, недель с тринадцать волокли телегами, и водою, и санями половину пути».
Аввакум выехал из Москвы с семьей в шесть человек 17 сентября и прибыл в Тобольск в конце декабря 1653 года, пробыв в дороге свыше трех месяцев.
И здесь он тоже сразу нажил себе врагов. Опять яростно борется с пьянством, развратом, несправедливостью. Но главное, по-прежнему громит Никона, обвиняя его в неправильной вере, грозит, что будет за это в стране три пагубы: мор, меч и разделение.
Никон, конечно, наносит ответный удар, благо нашелся и формальный повод для расправы с неуемным протопопом: поступил донос, что ходит он с посохом, украшенным яблоками, а такой посох положен только архиерею. Приходит приказ отправляться с женой и детьми в далекий Якутский острог, и запрещается впредь служить. Аввакум понимает, что едет в ссылку не за посох, а за то, что «укоряет ересь Никонову».
Не успел прибыть в Енисейский острог, там ждет его новый приказ — отправиться еще дальше: передали Аввакума в полк воеводы Пашкова, на которого еще раньше поступали жалобы, что тот «беспрестанно людей жжет, и мучит, и бьет». А теперь Аввакум и его семья сами попадают в руки жестокого Пашкова.
Пашкову приказано ехать в Даурскую землю — собрать ясак, разведать про серебряную руду, медь, олово; в грамоте Никона Пашкову предписывалось «смирить» Аввакума — воевода это понял как «мучить».
А дорога и без того невероятно трудна и опасна. Однажды, при переезде через реку Тунгуску, дощаник (плоскодонное судно с палубой, управляемое парусом, веслами или бечевой), на котором плыл Аввакум с семьей, едва не затонул: еле успели ребят из воды вытащить, а все остальное утонуло, парус ветер в куски порвал, кое-как прибились к берегу.
В этих условиях, когда ссыльный протопоп вынужден беспрестанно бороться за свою жизнь и жизнь близких, находясь всецело во власти жестокого и подлого Пашкова, он все равно не унимается, не сдается, как и прежде готов во всем стоять до конца… По дороге полк встречает двух вдов, идущих в монастырь, и воевода решает их насильно выдать замуж за своих казаков, однако Аввакум заступается за женщин. Под нажимом Аввакума Пашков отпускает вдов, но протопопа не простил: у одного из порогов на Ангаре выгнал Аввакума из дощаника и заставил лезть в обход через горы.