Здесь произошло слияние госпитальеров с еще одним орденом, также изгнанным из Иерусалима, — орденом Святого Самсона. Этот союз стал именоваться «рыцари Кипра». Подарок короля Кипра был утвержден римским папой Климентом V. В Лимассоле в течение восемнадцати лет располагалась резиденция ордена.
В новой резиденции был созван генеральный капитул, и, пожалуй, такого многолюдного собрания не было со времени основания ордена. Некоторые из кавалеров советовали великому магистру переселиться в Италию, но он и прочие старшие кавалеры, не теряя надежды возвратить когда-либо землю обетованную, отвергли предложение первых, а решились на время остаться в Лимассоле. Здесь великий магистр основал гостиницу, повелел кавалерам вооружить суда, на которых они прибыли в Кипр, и использовать их для защиты паломников, которые и после потери христианами Иерусалима не преставали посещать святые места.
Но на этом переселения рыцарского ордена не закончились. Из-за непостоянства кипрского короля великий магистр решился переменить место резиденции. В соответствии со средневековым ленным правом орден, хотя и сохранял определенную свободу в решении собственных дел, вынужден был находиться в некоторой зависимости у своего сеньора, что выражалось, в частности, в уплате дани и несении воинской повинности. Но у великого магистра Гийома де Вилларе отношения с сеньором де Лузиньяном не сложились, и гордый рыцарь стал подыскивать себе другое место.
Годы, проведенные на Кипре, не прошли даром, они позволили ордену восстановить силы. Казна наполнилась поступлениями из Европы, а также добычей от морских побед над корсарами и турками. Увеличился приток новых рыцарей из Европы, орден вновь обрел былое могущество. В то время как ордены тамплиеров и тевтонцев после утраты Святой земли переместились в родные страны и, несмотря на свое значение, в конце концов оказались в зависимости от своих сеньоров, рыцари ордена Святого Иоанна не хотели иметь сеньора, они решились на завоевание острова Родос. В 1307–1309 годах госпитальеры завоевали остров и впоследствии основали на нем мощную крепость и госпиталь. А в 1310 году на Родос была официально перенесена штаб-квартира ордена. Первой заботой рыцарей стало укрепление старых византийских фортификаций острова и строительство госпиталя.
Рыцари ордена оказались дальновидны: вскорости их ждала опасность, так что обновление оборонительных укреплений стало вовсе не пустой предосторожностью. Всего через два года после появления рыцарей на Родосе турки предприняли попытку завладеть островом Аморгос, лежащим в ста милях к северо-западу от Родоса. Великий магистр Фульк де Вилларе бросил на разгром неприятеля все силы ордена, и в морском сражении у берегов Аморгоса турки потеряли весь свой флот.