С турками крестоносцы находились в состоянии войны долгие годы. Военные операции велись практически непрерывно до последней четверти XV века, и они рождали своих героев. Один из них был Дьедонне де Гозон, избранный великим магистром в 1346 году. Под предводительством де Гозона рыцари одержали внушительную победу над турецким флотом у берегов Смирны. Этот город оставался их форпостом в Малой Азии до тех пор, пока в 1402 году не пал под ударами армий Тимура.
Европа не собиралась спускать с рук туркам разгром крестоносцев: вторая половина XIV века отмечена непрестанными попытками взять реванш. В 1365 году папа Урбан V призвал к новому крестовому походу против неверных. Подготовку к нему возглавил король Кипра Петр I. Летом 1365 года у берегов Кипра собралась армада парусников, галер и транспортных судов, на борту которых находились рыцари и воины из разных стран Европы. Были там и галеры ордена Святого Иоанна. Турки не сомневались, что главный удар будет нанесен по Сирии. Однако корабли крестоносцев направились в сторону Александрии, остававшейся одним из красивейших и богатейших городов Северной Африки. Город был взят приступом, разграблен, предан огню и мечу. Крестоносцы с беспощадным варварством истребляли мирное население, не делая различия между мусульманами, христианами и евреями. Когда перегруженные богатой добычей корабли крестоносцев вернулись на Кипр, стало ясно, что любая попытка развить первый успех обречена на неудачу. Большая часть крестоносного воинства дезертировала. Однако арабы и турки надолго запомнили безжалостную резню, устроенную крестоносцами в Александрии. Через 60 лет они захватили и опустошили Кипр. С падением Кипра с карты Восточного Средиземноморья исчезло последнее латинское королевство, орден Святого Иоанна остался один на один с набиравшей силу державой турок-османов.
Воинственный дух рыцарей не позволял им сидеть на месте. Через два года после разграбления Александрии госпитальеры предприняли успешную морскую экспедицию к берегам Сирии. Десант, высаженный с орденских галер, вернулся с богатой добычей. С этих пор морские набеги на города Леванта, Египта и Малой Азии стали совершаться регулярно. Рыцари поняли, что лучший способ борьбы с превосходящим по численности противником — внезапное нападение.
Как видно, поколению иоаннитов конца XIV века не давали покоя рассказы отцов и дедов о крестовых походах — орден Святого Иоанна принял участие в последней попытке средневековой Европы возродить времена славы крестоносцев. Стотысячная армия под командованием старшего сына герцога Бургундского выступила в поход, намереваясь вытеснить турок с территорий, занятых ими за Дунаем. Крестоносцы лелеяли надежду повторить успех Первого крестового похода, пройдя через Анатолию до Иерусалима. Совместно с генуэзцами и венецианцами госпитальеры должны были обеспечить поддержку с моря. Орденский флот под командованием великого магистра Филибера де Найяка вошел в Черное море через Дарданеллы и Босфор и встал на якорь рядом с устьем Дуная. Однако в боевых действиях участвовать ему не пришлось. Огромная, но плохо организованная и крайне недисциплинированная армия крестоносцев была наголову разбита легкой кавалерией турок у города Никополиса.