Парменион в своем секторе лишь немного отставал в преследовании от Александра, сейчас он занял персидский лагерь. Собственный багажный лагерь македонцев был уничтожен, обозники почти все были убиты, но захват персидского обоза с их слонами и верблюдами полностью компенсировал материальные потери македонского обоза. Александр надеялся захватить Дария в городе Арбела в 75 милях западнее поля битвы, но Дария там не обнаружили. Его брошенные вещи, казна и регалии царской власти попали к Александру, включая, как при Иссе, колесницу Дария и его оружие.
Число раненых в этом сражении по-разному оценивают древние историки, большинство из них приводит несопоставимые данные. Согласно Арриану Александр сообщил, что потерял только 100 воинов убитыми, но свыше 1000 лошадей (это почти половина коней его верховых гетайров). Персидские потери насчитывали до 300 тысяч убитыми и примерно столько же пленными. Напомним, что большинство жертв в древних сражениях приходилось на период бегства и преследования. Тем не менее, можно с уверенностью сказать, что число жертв среди македонцев сильно занижено. Например, в индийском походе 25-тысячную армию Александра сопровождал 50-60-тысячный обоз. При Гавгамелах у Александра было 47 тысяч воинов, и весь обоз вырезали персидские и индийские конники… Хорошо, пусть Александр не считает нестроевых, но обоз охраняло несколько сотен легкой фессалийской пехоты, которая вся была перебита прорвавшийся конницей и освободившимися персидскими пленными. Допустим, что Александр не считает потери фессалийцев, поскольку они не македонцы. Но все историки (кроме Арриана) утверждают, что нескольким персидским колесницам все же удалось врубиться в строй македонских фалангистов. Проезд одной такой колесницы оставлял за собой просеку изрубленных расчлененных тел, речь шла о сотнях потерь за каждую пропущенную в свои ряды «жатку смерти». И после этого в своих реляциях царь сообщает о сотне убитых, а историки бездумно переписывают это число.
И если про Исс говорят, что Александр не смог захватить Дария из-за его нежелания оставить центр и левое крыло своей армии с их трудностями, то при Гавгамелах эта история повторилась. Древняя история говорит о других сражениях, в которых победоносное крыло армии бросалось в дезорганизовывающее и безоглядное преследование, в результате чего враг без особого противодействия побеждал в центральной части поля боя.
Прошло почти пять долгих лет, прежде чем Александр дал следующее грандиозное сражение. Тем не менее, это были отнюдь не мирные годы: большую часть этого периода он был занят энергичной партизанской войной в горах. Дарий бежал в северо-восточном направлении в горы Мидии, правильно полагая, что Александр вместо преследования разбитого царя повернет к большим центральным городам юга империи — к Вавилону, Сузам и Персеполю.