Александр был хорошо встречен в Вавилоне и Сузах, и его обращение с населением было соответственно по-царски добрым. Однако ему пришлось с боями пробиваться в Персеполь: сатрап этой провинции Ариобарзан сумел после Гавгамел собрать 23 тысячи пехотинцев и 700 конников. В узком горном проходе, так называемых Сузанских воротах, он возвел стену, перегораживающую проход, на штурм которой Александр потратил несколько дней. После этого переход в Персеполь прошел без проблем. Македонская армия отдыхала в городе до конца весны, а перед уходом дворец персидских царей был сожжен. По знаменитой легенде пожар организовала гетера Таис Афинская, любовница военачальника Птолемея, подзадорив пьяную компанию Александра с его друзьями.
Перед выходом в погоню за Дарием через Мидию на север Александр назначил губернаторов недавно завоеванных территорий. В их число были включены люди из бывшей персидской администрации. Возможно, это были первые проявления новой политики по созданию империи с универсальным гражданством. Но подобные шаг и не были поняты соплеменниками, а многие из местных жителей не могли простить завоевателям смерть близких, разрушения и страдания. Тем временем Дарий все еще пытался организовать какое-то сопротивление. Он собрал вокруг себя некое подобие армии, ядро которой составили 2000 греческих наемников. В трех днях пути от Экбатана к Александру прибыл персидский перебежчик с вестью, что Дарий покинул город. Подкрепления, которых он ожидал, так и не пришли, и царь пять дней назад отправился на восток к Каспийским воротам с бактрийской конницей и 6000 пехотинцев, взяв 7000 талантов из экбатанской сокровищницы.
Александру так никогда и не удалось встретиться с живым Дарием. Он не смог вовремя предотвратить возможность бегства царя Персии через Каспийские ворота в северных горах. Во время кратковременного отдыха на этом пути в лагерь прибыли новости, что Дария захватила группа его собственных офицеров, среди которых был родственник царя Бесс, сатрап Бактрии, и визирь Набарзан. Бесс вскоре объявил себя царем оставшихся территорий Персидской империи Артаксерксом IV. Он командовал бактрийским контингентом при Гавгамелах, и существовала опасность, что Александр нашел в его лице более решительного врага, чем Дарий.
Было важно уничтожить в зародыше возрождение персидского сопротивления. Александр сразу оставил свою главную армию и бросился в погоню за беглецами с маленьким, но чрезвычайно мобильным отрядом. Они настигли персов на рассвете. Появление македонцев застало врагов врасплох, и единственным их желанием было скорее бежать, а тяжелая повозка, в которой держали Дария, замедляла бегство. Бесс и Набарзан стали уговаривать царя сесть на коня, но тот сказал, что если он не сохранил власть, то желает хотя бы погибнуть достойно: он не станет бежать вместе с предателями. Времени на споры не было. Бесс и Набарзан не хотели, чтобы Дарий попал живым в руки Александра. Они и другие заговорщики пронзили царя копьями и бежали. Набарзан — в Гирканию, Бесс — в свою Бактрию, другие же отравились на юг, в Систан.