Но даже отступление в Вавилон было полно для македонцев драматическими событиями. Александр был вовлечен в безумную войну против маллов (Malli), группы племен долины Инда. При штурме одной крепостей маллов он едва не был убит. Увлекая за собой своих воинов, отказывавшихся карабкаться по осадным лестницам, Александр во главе нескольких телохранителей первым взобрался на стену и спрыгнул внутрь крепости. В этот момент лестница, по которой следовали остальные, обломилась, и царь оказался среди врагов. Видя, что в крепости находится только Александр и его три оруженосца, маллы смело набросились на них. Царь и его телохранители отчаянно защищались, но скоро один из них (Абреас lAbreas]) был убит, а сам Александр получил несколько тяжелых ран и упал на колени у стены. Его храбрые оруженосцы Певкест (Peucestas) и Леоннат (Leonnatus) держались еще на ногах и мужественно защищали царя, заслонив его своими телами. Подоспевшие в последний момент македонцы вырвали потерявшего сознание Александра из рук маллов и отнесли в палатку. Александр был на волосок от смерти, и македонцы в отместку устроили резню, убив всех мужчин, женщин и детей в захваченном городе.
Оправляясь от почти фатальной раны, Александр направил свою армию вниз по течению к Акесинесу и далее к Инду. Постоянные конфликты между командирами гетайров — Кратером и Гефестионом, вынудили его разделить свою армию. Основная часть под командованием Кратера направилась назад через область Арахосию (Arachosia) и город Александрию (Кандагар). Сам же Александр загорелся идеей исследований и открытий. Он собрал остатки своей армии и отправился в район Патталы (Pattala) в дельте Инда. Свои силы он разбил на две части, ведя исследования неведомых земель с суши и с кораблей.
Александр исследовал оба устья Инда. Флот, который должен был, очевидно, следовать параллельно его движению во время возврата на запад, задержал муссон. Таким образом, Александр и его воины скоро потеряли контакт с судами, которые совершали теперь самостоятельное плавание под командой его адмирала Неарха (Nearchus). Команды Неарха часто путали незнакомые условия Индийского океана, который включал такие явления, как сильные течения и китов. Они претерпели много лишений и нужды, и несколько судов было потеряно.
Сухопутные силы претерпели еще большие лишения, блуждая в пустыне Гедрозии (Gedrosian. пустыня носила то же название, что и персидская сатрапия Гедрозия. нынешний Белуджистан). Сначала отряд Александра тащил роскошную добычу, добытую в восточных войнах, а также многочисленных женщин и детей. Но вскоре им пришлось бросить и сжечь добычу, а многих своих животных они вынуждены были убить на еду. Все страдали от жажды, потому с радостью разбили лагерь на берегу ничтожного ручейка, протекавшего в пустыне. Внезапно ночью где-то в отдаленных горах прошел ливень, превративший маленький ручеек в ревущий полноводный поток. Много женщин и детей утонуло во время этого паводка, были потери среди воинов и животных. В пустыне больные или истощенные падали и оставались лежать там, где упали, поскольку ни у кого не было сил помочь им или нести их. Когда сильный ветер стер все межевые вехи и занес тропы песком, проводники Александра, не умевшие читать звезды, сами сбились с пути. В этом критическом положении Александр взял выбор маршрута на себя и, используя собственные способы определения направления, привел своих отчаявшихся воинов к берегу моря. На берегу на относительно небольшой глубине была обнаружена пресная вода. В течение семи дней претерпевшая чудовищные лишения армия шла по безлюдной береговой полосе.