Тем не менее евангелие это вызвало некоторые нарекания. В конце II века против сочинений Иоанна восстала одна партия в составе малоазийской церкви, членов которой за отрицание евангелия Логоса остроумный Епифаний, «творец еретиков», окрестил насмешливой кличкой «алогов» (не признающих логос и — безумных). Эту партию возмущала та поддержка, которую находила монтанистская система пророчеств в изречениях Иисуса о параклите в четвертом евангелии, а также и в видениях Апокалипсиса. Все возражения этой партии, основанные на догматических соображениях, принято было считать недельными и ничтожными. Однако ею было выдвинуто немало совершенно основательных историко-критических аргументов. Члены этой партии утверждали, что евангелие, именуемое Иоанновым, лжет, поскольку оно не согласуется с другими евангелиями; ибо, заявив вначале, что слово стало плотью и обитало в этом виде среди нас, евангелие тотчас начинает рассказывать о том, что в Канне Галилейской праздновалась свадьба и, добавляем от себя, забыло, стало быть, упомянуть о тех событиях отроческой жизни Иисуса, о которых повествуют Матфей и Лука. Также заметили они и то, что связный рассказ Иоанна о крещении Иисуса и последующем прибытии его в Галилею не оставляет места для тех сорока дней искушения, которые по рассказу трех первых евангелистов относятся именно к этому времени, и что, по словам этого евангелия, Иисус успел отпраздновать в период проповедничества два пасхальных праздника, а по сообщению других евангелистов — лишь один. Это отступление сторонники Иоаннова евангелия истолковывали в смысле дополнения; по их словам, Иоанн, дотоле довольствовавшийся изустным благовестием, увидев Евангелия от Матфея, от Марка и от Луки, признал достоверность их повествований, но находил их недостаточными в том отношении, что в них сообщается лишь история последнего года служения Иисуса, начиная с пленения Иоанна Крестителя; поэтому Иоанн в своем труде опустил весь этот год и стал досказывать события предшествующего времени. Но впоследствии мы увидим, что отмеченное противоречение нельзя устранить таким объяснением, не соответствующим обстоятельствам дела.
Правда, партия «алогов», сама же ослабила свои возражения против Евангелия от Иоанна тем, что вследствие догматических предрассудков стала отвергать не только Евангелие, но и Апокалипсис (Откровение) Иоанна. Дело в том, что обе эти книги по духу и форме относятся друг к другу так, что уже одному из учеников Оригена удалось блистательно обнаружить их полную неоднородность, а новейшая критика пришла к неопровержимому заключению, что если апостол Иоанн является автором евангелия, то он не мог быть автором Апокалипсиса, и наоборот. Предположить, что обе книги написаны одним и тем же автором, значит полагать, что, скажем, Лессинг написал «Мессиаду», а Клопшток — «Натана Мудрого»