В этом же году Войска ПВО страны были изъяты из подчинения командующего артиллерией Советской Армии. Командующим Войсками ПВО страны был назначен Маршал Советского Союза Л. А. Говоров. [7]
В связи с бурным развитием авиации повысились требования к зенитной артиллерии. В годы Великой Отечественной войны основным зенитным орудием среднего калибра советских зенитчиков была 85-мм зенитная пушка образца 1939 года КС-12. Пушка КС-12 имела вес в боевом состоянии 3057 кг и дальность поражения по высоте до 10,5 км. Скорострельность составляла до 15 выстрелов в минуту, управление зенитным огнём осуществлялось ПУАЗО-3 и стереоскопическим дальномером. К концу войны грубое целеуказание осуществлялось от радиолокационной станции РУС-2. ПУАЗО-3 позволял решать задачу встречи и вырабатывать координаты упрежденной точки цели в пределах по дальности 700-12000 м, по высоте до 9600 м. Данные с ПУАЗО поступали на принимающие приборы орудия; при этом на приборах вращались "электрические" стрелки. Номера орудийного расчета, работая механизмами наводки и маховиком установщика взрывателей, совмещали "механические" стрелки с "электрическими" и этим осуществляли наводку орудия и установку взрывателя. Вес снаряженных осколочных зенитных гранат составляет 9,2-9,54 кг (в зависимости от типа), вес помещенного в них разрывного заряда - 0,66-0,74 кг. Гранаты могут использоваться для стрельбы как по самолетам, так и по наземным целям. При стрельбе по самолетам разрыв гранаты происходит в точке траектории, соответствующей установке дистанционного взрывателя. Наличие в гранате шашки ТДУ способствует получению при разрыве гранаты яркой световой вспышки и густого облака коричневого дыма. Это обеспечивает хорошую видимость разрыва на всех боевых высотах и на расстояниях до 10 км как днем, так и ночью. Поражение целей осуществляется за счет образования до 500 осколков весом от 5 грамм.
К концу войны 85-мм зенитная пушка была модернизирована. Новое орудие получило название КС-18 и имело более длинный ствол и увеличенный пороховой заряд, что позволило увеличить дальность поражения по высоте до 12 км. Но прибор управления огнём остался прежним. Исходные данные для ПУАЗО-3 получались при помощи оптического стереодальномера, что затрудняло прицеливание в условиях плохой видимости и ночью, поэтому приходилось переходить от прицельного огня к заградительному.
В условиях Великой Отечественной войны, когда средние скорости бомбардировщиков были в пределах 400 км/ч, практический потолок до 8000 метров, а навигационное оборудование позволяло использовать бомбардировочную авиацию в ночное время ограниченно, такие характеристики основной зенитной пушки среднего калибра были приемлемы. Но против разведывательных самолётов, которые шли на высоте до 12000 метров, 85-мм орудия были бессильны. В качестве разведчиков немцы использовали специально переоборудованный бомбардировщик Юнкерс-88.