Весной 1941 года по причине оккупации Франции гитлеровцами Элленбергер с семьей - женой и тремя детьми - вернулся на родину в Швейцарию. Несмотря на свое швейцарское гражданство, Элленбергер, фактически, в Швейцарии до этого не жил и был весьма неискушен в специфике швейцарской медицины. Но за двенадцать последовавших лет он стал высококлассным специалистом в своей области. До 1952 года Элленбергер работал заместителем директора в клинике для душевнобольных в небольшом городке Шафхаузене неподалеку от немецкой границы на берегу Рейна. В этом городке, кстати, родился Германн Роршах (1884-1922), создатель известного психодиагностического теста. В этот период Элленбергер близко познакомился со многими психиатрами из первого поколения швейцарской психиатрии. В основном, это были ученики Аугуста Фореля и Юджина Блейлера, а также члены известного швейцарского психиатрического кружка, развивавшегося под непосредственным влиянием Зигмунда Фрейда. Здесь же Элленбергер познакомился с сыном Блейлера Манфредом (тоже психиатром) и Карлом Густавом Юнгом. Он постоянно навещал жившего неподалеку Людвига Бинсвангера, известного экзистенциального психиатра, и свел тесную дружбу с Альфонсом Медером, одним из первых членов цюрихской психоаналитической группы, а позже учеником Юнга; был также хорошо знаком с Леопольдом Шонди, психиатром и разработчиком одноименного теста, и с Оскаром Пфистером, пастором и психоаналитиком, дружившим в те годы с семьей Фрейда. У этого «именитого старца психоанализа», каковым его считало поколение Элленбергера, он прошел неформальный учебный анализ в начале пятидесятых годов. В это же время Элленбергер часто посещал лекции и семинары в Психоаналитическом обществе и Психологическом институте в Цюрихе. Здесь он имел возможность слушать устные рассказы Пфистера, Шонди, Медера, Юнга и других об их ранних аналитических опытах в предвоенные десятилетия, - своего рода «золотом веке» европейской психотерапии.
Работая в Шафхаузене, Элленбергер стал постепенно тяготиться карьерой провинциального доктора и администратора, «местечковым духом», как он это называл (Kantonligeist). Но чтобы пробиться в престижные университетские клиники Цюриха, Базеля, Женевы или Берна, необходимо было иметь диплом швейцарского медицинского учебного заведения.
Другой путь к профессиональной известности лежал через Америку. После Второй мировой войны мощный информационный поток пролегал через Атлантику в обоих направлениях. В Швейцарии был значительный интерес к изучению последних психотерапевтических инноваций и техник в других странах. В 1952 году Элленбергеру удалось получить трехмесячный грант на поездку в США с лекциями о современных европейских психиатрических теориях и практиках, откуда он вернулся со свежими знаниями, соответственно, о последних американских разработках в этой области и с заманчивым предложением занять должность профессора клинической психиатрии в известной в США клинике Карла Меннингера (штат Канзас). В начале 1953 года Элленбергер приступил к своей новой работе.