Наряду с политическими ограничениями белорусская шляхта почувствовала и экономические ограничения. Она не могла получать земли в тех регионах, что были присоединены к Польше. Польская же шляхта стала активно пользоваться правом приобретения имений в княжестве. Все это явилось основой сепаратистских и даже антипольских настроений в Беларуси в 70 – 90 гг. XVI в. Было немало сторонников разрыва союза с Польшей, которые вели борьбу за независимость своего государства. В этот период регулярно созывало свои сеймы ВКЛ. В 1581 г. была создан высшая инстанция – Трибунал, а принятие в 1588 г. своего свода законов – Статута – по существу сводило на нет некоторые положения Люблинской унии.
В 1572 г. умер Сигизмунд II Август, последний Польский Король и Великий князь Литовский из династии Ягеллонов, занимавший трон по праву наследования. После него короли стали избираться сеймом, что часто приводило к так называемым бескоролевьям, которые тянулись от смерти одного монарха до избрания другого. После очередного бескоролевья на престол был избран Стефан Баторий (1576 – 1586 гг.). В 1579 г. войска Речи Посполитой под руководством Стефана Батория взяли Полоцк, Велиж, Усвяты и Великие Луки, в 1582 г. начали осаждать Псков, но занять его не удалось. В 1582 г. Ливонская война завершилась Ям-Запольским миром, по которому к Речи Посполитой перешла вся Ливония, Полоцк и Велиж.
В конце XVI – первой четверти XVII в. В правящих кругах Речи Посполитой была популярной идея присоединения к ней Московского княжества. Ее поддерживали и великокняжеские политики, рассчитывавшие, что в новом огромном евроазиатском государственном образовании княжеству будет принадлежать лидирующая роль. От дипломатических способов осуществления этой идеи – выдвижения на трон речи Посполитой кандидатуры Ивана IV и его сына Федора в 1573 и 1587 гг. – перешли к военным походам Лжедмитриев на восток в 1604 и 1607 гг. В военную компанию 1609 г. войско Речи Посполитой вернуло в состав княжества Смоленск, а в 1610 – 1612 гг. овладело самой Москвой, но было изгнано народным ополчением под руководством Д. Пожарского и К. Минина. В войне 1633 – 1634 гг. Россия попыталась взять реванш за Смоленск, но потерпела неудачу, и Полянский мир покинул границы прежними. Тем не менее, в конце XVI – первой половине XVII в. доминирующая роль в Восточной Европе перешла от Великого княжества Литовского, а затем Речи Посполитой, к их сопернику – Московскому государству.
Церковь и религия в Беларуси в XVI в
К концу XII в. в Европе сложились две большие религиозные зоны: восточная, православно-византийская и западная, римско-католическая. Граница между ними проходила по Западному Бугу. Беларусь стала местом встречи и взаимодействия этих религий, что определило уникальное историческое положение ее в Европе, обусловило индивидуальность ее культуры и конфессиональную особенность, наложило особый отпечаток на менталитет белорусского народа.