Российская сторона отвергла сделанное ей в Каване предложение, выдвинув через пять месяцев встречный план, предусматривавший заключение промежуточного мирного договора и продолжение переговоров по статусу островов. Это случилось в ноябре 1998 года, во время визита в Москву Обути Кэидзо, сменившего Хасимото на посту премьер-министра Японии. В кратком документе, который Ельцин передал Обути во время их пятиминутной встречи, утверждалось, что, хотя Россия надеется на продолжение переговоров по статусу островов, каванский план не является для японской стороны компромиссным, противоречит принципу «взаимно приемлемого решения» и не будет одобрен ни российским обществом, ни Думой (Ibid.: 250–251).
После отказа российской стороны от сценария уточнения границ территориальный спор, а также двусторонние отношения в целом исчезли из списка приоритетов как в Москве, так и в Токио, поскольку в обоих государствах произошли крупномасштабные политические перемены. В России ухудшение здоровья Ельцина и падение его популярности резко ограничили его возможности, а быть может, и желание продолжать переговоры с Японией и идти на территориальные уступки, которые могли бы нанести еще больший урон его пошатнувшейся легитимности. 31 декабря 1999 года Ельцин неожиданно ушел в отставку, назначив малоизвестного до того момента премьер-министра Владимира Путина исполняющим обязанности президента. В марте 2000 года Путин был избран вторым президентом России. В это время в Японии Мори Йосиро сменил Обути на посту премьер-министра после того, как Обути внезапно слег с инсультом в апреле 2000 года.
Ближе всего к выходу из территориального тупика Россия и Япония подошли во время кратковременного пребывания в премьерском кресле Мори (с апреля 2000 года по апрель 2001-го). На саммите в Иркутске в марте 2001 года, проведенном через два с половиной года после визита Обути в Москву, не было составлено конкретных планов (отчасти, вероятно, из-за того, что отставка Мори уже считалась решенным вопросом), однако встреча Мори и Путина дала толчок для дальнейших переговоров. Накануне саммита Путин сделал беспрецедентное заявление, по сути впервые за 40 лет признав двустороннюю декларацию 1956 года, согласно которой острова Шикотан и Хабомаи должны были быть переданы Японии. (В 1960 году, после коррекции и возобновления договора о безопасности между Японией и США, СССР отказался от передачи островов, сославшись на новые обстоятельства.) Теперь Россия открыто выразила готовность соблюдать декларацию и передать Японии два острова, а также заключить мирный договор. С японской стороны в вопросах политики с Россией доминировала прагматическая троица Судзуки – Того – Сато; эту позицию поддерживал Мори, которому было нужно добиться определенных успехов во внешней политике на фоне резко снижающейся внутренней популярности (в результате ряда оплошностей и ошибок в инциденте с «Эхиме Мару»)