В тоже время командования флотов и флотилий оказались предоставлены сами себе. В вышестоящем для них органе управления, командовании военного округа, слабо представляли, что именно происходит на флоте, какова специфика его боевого и учебно-боевого применения и даже повседневная жизнедеятельность флота была для них тайной за семью печатями. По идее, помощь во взаимодействии с флотами и флотилиями командованию округов должны были оказать военно-морские отделы в составе командований округов. Но на практике такая система привела к тому, что военно-морские отделы начали управлять командованиями флотов. То есть капитан первого ранга, в подчинении которого не более двадцати человек, должен был командовать адмиралами и вице-адмиралами в подчинении которых находилось почти сто офицеров. Такую ситуацию должно было исправить сокращение командований и штабов флотов и флотилий с передачей должностей и личного состава в отделы ВМФ. Но проведенное в конце 2012 года на базе Северного флота изучение такой реформы органов военного управления показало, что находящийся за две тысячи километров в Санкт-Петербурге отдел военно-морского флота командования Западного военного округа не может адекватно руководить штабом Северного флота в Североморске, не говоря уже о подчиненных силах и средствах.
Большую проблему в системе управления создал и переезд Главного командования ВМФ в Санкт-Петербург. Сейчас офицеры Главкомата ВМФ вынуждены ежедневно возить нарочными служебную корреспонденцию в Москву. Недаром поезд «Сапсан» получил наименование «Адмиральский». Но самая большая проблема в том, что в Подмосковье остался узел связи, а на Большом Козловском переулке в Москве (здание, где раньше до переезда размещался Главкомат ВМФ) – полностью укомплектованный и оснащённый современным оборудованием командный пункт ВМФ, с которого осуществлялось и осуществляется управление нашими военно-морскими силами по всему миру с отслеживанием кораблей и самолетов в реальном масштабе времени. В настоящее время, в Санкт-Петербурге в распоряжении Главкома ВМФ есть только две комнатки, с ограниченными возможностями связи и столом для бумажных карт. Так сейчас выглядит КП ВМФ. Понятно, что с такого командного пункта нет никакой возможности осуществлять адекватное руководство силами и средствами ВМФ даже в мирное время, не говоря уже о военном.
В ходе реформы «нового облика», часть соединений были понижены в статусе. В частности ряд дивизий были переформированы в бригады. К примеру, 2-я дивизия противолодочных кораблей Северного флота стала 11-й бригадой противолодочных кораблей.