Так же не совсем понятно, по какой причине боевые корабли перестали быть отдельными воинскими частями. Такое решение было принято экс-министром обороны Анатолием Сердюковым еще весной 2012 года. У кораблей забрали печати воинских частей – правда, оставив им боевые знамена. Для крупных кораблей – например, таких, как флагман Черноморского флота гвардейский ракетный крейсер «Москва», особых проблем не возникло, поскольку как штаб бригады находился на самом корабле. Но для различных малых ракетных и противолодочных кораблей, разбросанных по отдаленным гаваням, отсутствие печатей стало большой проблемой, так как без нее даже нельзя отправить в отпуск офицера.
Чтобы исправить ситуацию необходимо вернуть систему управления, которая существовала до «нового облика»: Главкомат ВМФ – командования флотов (флотилий) – командование разнородных сил – командование дивизий и бригад. В тоже время, в командованиях военных округов должны остаться военно-морские управления – для координации совместных действий ВМФ с общевойсковыми соединениями и объединениями, а также с частями других родов и видов Вооруженных Сил.
Сейчас уже понятно, что вернуть Главкомат ВМФ в Москву вряд ли получится. Здание на Большом Козловском переулке уже занято, а личный состав, получив служебное жилье, предпочтет уволиться по «организационно-штатным мероприятиям», чем вернуться в Москву. Поэтому следует сконцентрировать все силы на оборудовании здания Главкомата ВМФ в Адмиралтействе в Санкт-Петербурге, где следует развернуть полноценный и высокотехнологический командный пункт. А также построить Главный узел связи ВМФ с системами не только спутниковой, но и дальней связи.
Новая автоматизированная система управления стратегическими ядерными силами флота позволяет без участия личного состава подводного ракетоносца провести перенацеливание средств ядерного поражения. Правда, сейчас такой системой оборудованы только новейшие стратегические ракетоносцы проекта «Борей». Но в дальнейшем, такими системами будут оснащены и старые подводные лодки проекта 677 БДР и БДРМ. Поэтому новый КП и узел связи сразу надо строить исходя из устойчивой работы новой АСУ стратегических ядерных сил флота. Так же в ближайшее время ожидается появления новых автоматизированных систем управления силами и средствами флота – в частности, военно-морской вариант ЕСУ ТЗ «Заря», тактического уровня, а также перспективной системы стратегического и оперативного уровней управления.
Исходя из всего вышесказанного, новая система управления ВМФ должна быть высокоавтоматизированной, но при этом оставаться устойчивой и обеспечивать принятие решение, его своевременное доведение и обратную связь с подчиненным личным составом в любое время и при любых условиях. Основой системы управления должен стать Командный пункт (с запасными позициями на случай войны) с узлом связи и терминалами автоматизированной системы управления в Санкт-Петербурге. Уже имеющийся Главный узел связи в Подмосковье, следует использовать как запасной, а также разместить в нем часть терминалов АСУ.