В четвертом отсеке опознан командир моторной группы старший лейтенант Проллетин. Один труп извлечен из аккумуляторной ямы со следами электротравмы. На многих трупах, обнаруженных в третьем и четвертом отсеках, видны следы грубого механического воздействия: обширные травмы тела и головы. Несколько тел были найдены даже с оторванными руками и ногами, что скорее всего явилось результатом воздействия ворвавшегося в отсек потока воды.
В заключении судебно-медицинской комиссии сказано о том, что точную причину смерти подводников, находившихся в средних отсеках, из-за гнилостных изменений тканей и органов установить трудно. «Есть признаки асфиксии (пятна Рассказова — Лукомского под плеврой и мелкоотечные кровоизлияния под конъюктивами век у наиболее сохранившихся трупов). Обширные травмирования поврежденных тел, в большинстве своем сопровождавшиеся разрушением головы, обнаруженные на одиннадцати исследованных трупах, могли возникнуть в результате грубого механического воздействия».
В ходе расследования всех волновал вопрос: сколько жили моряки, остававшиеся в первом и седьмом отсеках? Проведенные расчеты показали, что в первом отсеке при полном покое люди могли оставаться в живых двадцать с половиной часов, в седьмом — около шести часов. Но учитывая большое психическое перенапряжение, когда дыхание учащается, в первом отсеке находившиеся там десять человек могли жить немногим более десяти часов, а в седьмом находившиеся там четырнадцать моряков — около трех часов. Если отсеки были частично затоплены еще при жизни людей, (а они находились там без гидрокомбинезонов), то переохлаждение также могло сократить их жизни почти на час.
Как стало известно при обследовании подводной лодки, в первом отсеке четверо подводников включились в ИДА-51 на дыхание чистым кислородом. Это могло помочь им продержаться еще час-полтора, после чего наступило неизбежное кислородное отравление. Один из находившихся в первом отсеке старшин, не выдержав мучений, покончил жизнь самоубийством. Его так и нашли лежавшим в койке и затянувшим себе шею ременной петлей… В седьмом отсеке никто ИДА не использовал. Почему ни в первом, ни в седьмом отсеках не использовали находившуюся там регенерацию, осталось неизвестным.
Для розыска и извлечения тел погибших были созданы группы из врачей подводных лодок, водолазов и матросов срочной службы. Из-за исключительно тяжелых физических и психологических нагрузок каждая смена работала не более сорока минут, причем врачи и водолазы успевали спуститься за это время в лодку по 2–3 раза. Рядом с поднятой подводной лодкой встал десантный корабль, на который трупы переносили через опущенную аппарель. Офицеры-судмедэксперты производили обследование тел. Затем тела погибших помещали в специальные брезентовые мешки с бирками и лямками и переносили на самоходную баржу, где укладывали в трюме со льдом, для подготовки к захоронению. Все это было настолько тяжело для участников данной процедуры, что даже сейчас, по прошествии многих лет, все они вспоминают о тех страшных днях с содроганием.