— Ничего, — махнул рукой Берия, — здесь университеты пройдешь.
Три месяца Берия принимал дела на Лубянке, а 25 ноября 1938 года был утвержден наркомом и провел массовую чистку. В 1939 году из органов госбезопасности были уволены 7372 человека (каждый пятый оперативный работник), пишут историки Александр Кокурин и Никита Петров. Аппарат обновился наполовину: в том же 1939-м на оперативные должности было взято четырнадцать с половиной тысяч человек, абсолютное большинство — из партийных и комсомольских органов.
Берия сменил три четверти руководящих работников госбезопасности — он, видимо, получил от Сталина директиву радикально обновить аппарат за счет призыва партийно-комсомольских кадров. Чекистский аппарат значительно помолодел. Изменился национальный состав руководства — исчезли поляки, латыши, немцы (представители «иностранных национальностей», как тогда говорили), резко сократилось число евреев. Кроме того, Берия убрал всех чекистов, которые в молодости состояли в каких-то других партиях — были эсерами или анархистами — или принадлежали к враждебным классам, то есть родились не в пролетарских семьях.
Считается, что с приходом Берии массовые ежовские репрессии прекратились и кое-кого даже выпустили из тюрем и лагерей. 9 ноября 1939 года новый нарком действительно подписал приказ «О недостатках в следственной работе органов НКВД» с требованием строго соблюдать уголовно-процессуальные меры. Несколько сотрудников наркомата были арестованы за «неправильные» методы ведения следствия.
В Молдавии был устроен процесс по «делу сотрудников республиканского НКВД», которых судили за «провокацию в следствии, вымогательство от арестованных ложных показаний и подлоги в протоколах допросов». Арестовали и республиканского наркома — капитана госбезопасности Ивана Тарасовича Широкого. Он покончил с собой в тюрьме.
Все, что творилось в органах, в политбюро прекрасно знали. Время от времени устраивались показательные проверки.
1 февраля 1939 года прокурор СССР Вышинский доложил Сталину и Молотову о расследовании «серьезнейших преступлений, совершенных рядом сотрудников Вологодского УНКВД», проведенного Главной военной прокуратурой по просьбе секретаря Вологодского обкома.
Они «составили подложные протоколы допросов обвиняемых, якобы сознавшихся в совершении тягчайших государственных преступлений… Сфабрикованные таким образом дела были переданы на рассмотрение во внесудебном порядке на тройку при УНКВД по Вологодской области, и более ста человек были расстреляны… Во время допросов доходили до изуверства, применяя к допрашиваемым всевозможные пытки. Дошло до того, что во время допросов этими лицами четверо допрашиваемых были убиты».