Группы быстро доложили, что все дела фальсифицированы. В приказе, подписанном Берией, говорилось: следствие проводилось бывшим Главным управлением контрразведки Смерш Министерства вооруженных сил СССР необъективно и поверхностно.
Сразу после этого началась реабилитация видных военачальников, которых посадили после войны.
2 апреля Берия отправил в ЦК записку об обстоятельствах убийства чекистами художественного руководителя Государственного еврейского театра народного артиста СССР Соломона Михайловича Михоэлса.
3 апреля по инициативе Берии президиум ЦК принял решение реабилитировать арестованных по «делу врачей-убийц»:
«Принять предложение МВД СССР:
а) о полной реабилитации и освобождении из-под стражи врачей и членов их семей, арестованных по так называемому «делу о врачах-вредителях» в количестве тридцати семи человек;
б) о привлечении к уголовной ответственности работников бывшего МГБ СССР, особо изощрявшихся в фабрикации этого провокационного дела и в грубейших извращениях советских законов».
4 апреля Берия подписал приказ по министерству «О запрещении применения к арестованным каких-либо мер принуждения и физического воздействия»:
«Установлено, что в следственной работе органов МГБ имели место грубейшие извращения советских законов, аресты невинных советских граждан, разнузданная фальсификация следственных материалов, широкое применение различных способов пыток — жестокие избиения арестованных, круглосуточное применение наручников на вывернутые за спину руки, продолжавшееся в отдельных случаях в течение нескольких месяцев, длительное лишение сна, заключение арестованных в раздетом виде в холодный карцер.
По указанию руководства бывшего Министерства государственной безопасности СССР избиения арестованных проводились в оборудованных для этой цели помещениях в Лефортовской и внутренней тюрьмах и поручались особой группе специально выделенных лиц из числа тюремных работников с применением всевозможных орудий пыток.
Такие изуверские «методы допроса» приводили к тому, что многие из невинно арестованных доводились следователями до состояния упадка физических сил, моральной депрессии, а отдельные из них до потери человеческого облика.
Пользуясь таким состоянием арестованных, следователи-фальсификаторы подсовывали им заблаговременно сфабрикованные «признания» об антисоветской и шпионско-террористической работе.
Подобные порочные методы ведения следствия направляли усилия оперативного состава на ложный путь, а внимание органов государственной безопасности отвлекалось от борьбы с действительными врагами Советского государства…»