В первые же дни по прибытии на Соловки Нафталий Аронович, дав кому надо скромное вознаграждение, стал не простым трудягой, а нарядчиком. Он внимательно присматривался к жизни соловецкой каторги. На этой должности у него оказалось достаточно времени, чтобы обмозговать, как использовать миллионы арестантов, которыми были переполнены лагеря от Житомира до Владивостока. Все взвесив, он начал строить грандиозные планы. И ему опять сопутствовала удача — удалось написать письмо в Москву. Причем письмо попало к нужному человеку!
В мае 1926 года по ходатайству начальника управления Соловецких лагерей (СЛОН) Ф. И. Эйхманса Френкелю вдвое сократили срок заключения. Через год его досрочно освободили и назначили начальником производственного отдела УСЛОН.
Френкель стремительно ворвался в верхушку управления лагерем и прочно в ней обосновался. Он подготовил несколько больших проектов, инициировал создание лагерей нового типа. К 1929 году он реорганизовал и само управление. Френкель, как во времена Япончика и его еврейской кассы взаимопомощи, все еще не понимал, зачем нужна вся эта мишура, которую называли политико-воспитательной работой. Он отлично судил по себе: воспитанием переделать человека невозможно.
А вот трудовая система работала на порядок увереннее и надежнее. В Москве удивились такому подходу. Но Френкель не любил, когда ему перечили. Он уже знал, что надо убрать московских чиновников, и представлял, как именно это сделать. Однако для начала ему надо было закончить миссию на Соловках.
Машинистки и чертежники управления работали днем и ночью, производя кипы планов, смет, схем, отчетов, предложений и первоочередных мер. Единственный соловецкий самолет, использовавшийся для самых разных целей, едва успевал перебрасывать почту на материк, откуда она непрерывным потоком шла на Лубянку. Френкель оказывал настолько сильное давление, что ему удалось получить одобрение на проведение эксперимента, который назывался хозрасчетом. Заключенные стали рубить лес, возводить города, прокладывать рельсы.
Френкель смог доказать, что каторга способна стать источником значительных денежных средств. Он разгромил политико-воспитательную работу и вместе с ней уничтожил все культурные «пережитки прошлого». Первым умер выходящий на острове журнал. Затем почила газета. Театр был разделен на несколько маленьких передвижек для обслуживания новых лагерей. Сотрудники-краеведы местного музея были направлены на изыскательские работы на Северный Урал, на Новую Землю — здесь Френкель запроектировал базу промышленного лова тюленей, моржей и трески.