Большая часть литовского народа хотела спокойно жить и работать, в подпольной или в «лесной» войне не участвовала и приняла новый советский режим, хоть и «со скрипом», как «неизбежное, но меньшее зло», но, не считая бывших офицеров ЛА, в леса ушли воевать только бывшие бандиты-каратели (залитые чужой людской кровью по макушку и знавшие, что пощады им от советской власти никогда не будет), кулаки и дезертиры и, к сожалению, часть «зеленой» молодежи, одурманенной националистической пропагандой. И даже националистически настроенная, ориентированная на Запад литовская интеллегенция и духовенство со временем осознали, что братоубийственная война не приведет к независимости. Мне приходилось с такими людьми много общаться, они понимали, что оказавшись между «молотом и наковальней», между битвой двух империй, после нового передела мира Литва только выиграла от того, что являлась в составе СССР частью антигитлеровской коалиции.
В 1940–1941 годах многие из них уповали на приход немцев, хотя было ясно, что Гитлер никогда не признает литовцев арийцами и никогда не признает Литву независимым государством, достаточно вспомнить его выступление в Мемеле.
Даже литовские нацисты не смогли добиться от немцев для себя независимой политики и своего государства. В октябре 1941 года генерал Прапуленис и другие руководители «Фронта литовских активистов», Мачекас и Пундзявичус, послали Гитлеру и Браухичу «Меморандум», в котором жаловались на то, что отношение немецких оккупационных властей к литовцам еще хуже, чем отношение Советов, они писали, что как же это так (текст привожу примерно, по памяти): …мы выставили 100 000 партизан для помощи наступающим немецким частям вермахта, вырезали всех своих евреев и коммунистов, стреляли в спину красноармейцам, помогая «освобождению Литвы от диких орд жидокоммунистов», а нас немцы за людей не считают?! Дайте нам независимое государство, мы ведь ваши союзники, дайте нам возможность вновь создать свою армию, мол, мы оправдаем доверие, поможем в борьбе с «большевистской заразой»… и так далее — все письмо было в таком духе. Гитлер отреагировал на это письмо своеобразно — были ликвидированы все самостоятельные литовские государственные учреждения, оставлено только местное самоуправление и литовский «губернатор» Кубилюнас, а почти все уже сформированные литовские полицейские батальоны были отправлены на проведение карательных операций по истреблению гражданского, в основном еврейского, населения и на борьбу с партизанами за пределами Литвы.
А разве только силами войск НКВД, находившихся в Литве, и частей Прибалтийского ВО не могли провести подобную «зачистку» территории республики?