Развитие торгового капитала в крае во второй половине XVIII века, хищнические захваты башкирских земель, притеснения инородческого населения и эксплуатация крестьянских масс породили ряд острых национальных и социальных конфликтов, которые потрясли до основания не только Оренбургский край, но и все Поволжье.
Первым по времени в крае вспыхнуло новое восстание башкир в 1755 г.; за ним последовал уход калмыков из Оренбургского края в пределы Китая в 1771 г. и, наконец, в 1773 г. произошло знаменитое Пугачевское восстание, явившееся серьезною угрозою самому существованию дворянско-крепостного государства.
Восстание башкир в 1755 г.
Башкиры были разбиты и обессилены после усмирения в 1740 г., почему некоторое время не могли уже помешать планам русской колонизации края.
Стиснутая извне и изнутри русскими крепостями, Башкирия, казалось, уже не была способна на новые вспышки национального движения. В стране свирепствовал военно-полицейский режим, под защитой которого развивалась заводская колонизация, и новые пришельцы в край захватывали у башкир все новые и новые участки земли.
По яркому выражению профессора Фирсова «уцелевшие от гибели башкирцы были разорены: поля их оставались незасеянными, скот, составлявший главное богатство, был разграблен, нужно было пройти не малому времени, чтоб им было возможно собраться с силами и освободиться от ужаса, наведенного на них видом трупов их братьев, гнивших на виселицах и кольях, чтоб возможно было начать снова борьбу с русскими».
Осуществляя ряд реформ в области административного управления Башкирией, Неплюев достиг значительной централизации власти и отчасти устранил произвол местных провинциальных воевод, в особенности произвол военных командиров. Все дела по управлению башкирами, как нам уже известно, были сосредоточены в Исетской и Уфимской провинциальных канцеляриях. Неплюев издал строжайший приказ, которым было воспрещено «посторонним командам» вмешиваться в башкирские дела. Особенно серьезное внимание он обратил на туземный состав башкирской администрации и следил за тем, чтоб ни один из башкирских старшин, принимавших участие в восстании 1735—1740 г., не был допущен на общественную должность. Неплюев требовал, чтоб скомпрометированных участием в бунте «ни в какие чины не производить».