Петербургское правительство всячески поощряло развитие этой колонизации. Все жалобы башкир на незаконные и насильственные захваты оставались без рассмотрения, а иногда приводили к явно обратным результатам. Так, например, в ответ на жалобу влиятельного башкирского старшины Юлая на заводчика Твердышева, захватившего у старшины землю, не последовало удовлетворения, а обидчик Твердышев в награду за энергичное строительство заводов был награжден чином коллежского Советника.
Ограбленное и озлобленное башкирское население ненавидело, русских заводчиков и «командиров» и только ждало случая отомстить своим заклятым врагам.
По мере увеличения русского населения в крае и возникновения русских сел и городов, все теснее становился простор оренбургских степей, по которым кочевали вольные орды казаков и калмыков. Калмыки, стесненные до крайности в своем кочевом быту, ушли с берегов Волги к границам Китая. Не с добрым чувством к русским властям относились и казаки, кочевавшие за Уралом.
Между тем, заводчики и помещики продолжали строить в Башкирии заводы и переселять на башкирские земли своих крепостных крестьян из центральной России, вытесняя коренное население с насиженных удобных мест. Уральские заводы того времени имели вид небольших городков. Заводчики строили здесь церкви, открывали школы, т. к. грамотные люди были необходимы для контор; заводили торговлю и кустарные промыслы для обслуживания заводского населения. Около заводов возникали поселения из пришлых элементов, которые выполняли вспомогательные работы: рубили леса, проводили дороги, строили мосты, подвозили руду и т.д.
Развивавшаяся заводская промышленность предъявляла огромный спрос на рабочую силу, почему на заводах принимали всякого человека, не справляясь о его прошлом. мало-помалу заводы превращались в центры притяжения для всего бродячего, бездомного люда. Который накапливался в Оренбургском крае. Это были беглые из центральной России от барщины и рекрутчины крепостные крестьяне, холопы, раскольники, подвергавшиеся гонению за «старую веру», и преступники, бежавшие от наказания.
Заводчики охотно принимали всех, в особенности раскольников, почему заводы скоро превратились в центры раскольничьих поселений.
Еще при Неплюеве был издан указ правительства о борьбе расколом. Было велено ловить раскольников воинскими командами, разорять их «пустыни» и скиты, а самих возвращать на родину или ссылать в каторжные работы.
В виду того, что Уральские заводы находились в ведении Берг-Коллегии, они не подчинялись Оренбургскому губернатору, почему и воинские команды не допускались на заводы.