Со времени атаманства Бородина войсковое начальство перестало выдавать казакам жалование, отпускаемое правительством за службу, зачисляя его в уплату за аренду у правительства рыбных ловель на Яике. Но и этого оказалось недостаточно. Атаманы стали облагать казаков под тем же предлогом дополнительными денежными сборами.
На почве недовольства злоупотреблениями войскового атамана в 1763 г. в войске вспыхнул бунт. Во главе недовольных стал один из казачьих старшин Логинов. Войско разделилось на две враждебных партии: на «войсковую», состоящую из единомышленников Логинова, и «старшинскую», сторонников атамана.
Для расследования беспорядков на Яик был прислан из Петербурга генерал Потапов. В результате следствия Бородин был смещен из атаманов, а Логинов переведен простым казаком в Оренбургское войско. Вместо Бородина был поставлен майор Новокрещенов, который держал сторону старшин. Произошел новый бунт. Присланный для усмирения казаков генерал Черепов расправился с бунтовщиками и поставил в атаманы Тамбовцева, приверженца старшинской стороны. Недовольство казаков скоро дошло до высших пределов: особенно оно усилилось правительственным сыском на Яике раскольников, который производился царскими чиновниками и духовенством. Кроме того 15 мая 1766 г. правительством был издан указ, лишавший яицких казаков одной из главнейших их привилегий — права отбывать военную службу наемкой; согласно этого указа служба по найму была заменена очередной службой. Новым порядком вещей было недовольно все казачество. Зажиточные казаки были недовольны тем, что им приходилось теперь отбывать военную службу самим, тогда как раньше они от нее откупались, нанимая вместо себя бедноту. Беднота была недовольна тем, что ее лишили права наниматься на службу, что уже стало профессией для некоторых элементов казачества.
Недовольство казаков осложнилось еще тем, что 500 казаков были назначены на службу в Кизляр, а «атаман всех казачьих войск» князь Потемкин потребовал от них еще наряда 500 казаков для сформирования особого Московского легиона.
Ввиду столь усиленных нарядов на службу казаки заволновались, так как считали своей обязанностью лишь охранять яицкую линию от вторжения кочевников и просили их освободить от «внешних» служебных нарядов.
Сначала казаки думали, что все эти притеснения и злоупотребления творятся местными начальниками без ведома царицы. В 1766 году они отправили тайно от войскового начальства особую депутацию в Петербург для подачи жалобы царице. Председатель военной коллегии граф Чернышев приказал схватить казачьих депутатов и наказать их плетьми, как бунтовщиков. Казаки поняли, что им нечего было надеяться на правительство и решили расправиться со своими обидчиками сами.