В 1771 г., когда калмыки двинулись через территорию яицкого войска за Яик, Оренбургский губернатор потребовал, чтобы войско выступило против калмыков. Казаки отвечали, что они выступят только в том случае, если им вернут отнятое право выбирать атаманов и офицеров и выплатят жалование, которого они не получали в течение пяти лет. Войсковой атаман Тамбовцев настаивал, чтоб казаки исполнили приказание губернатора, Казаки отказались. Тогда из Оренбурга был послан для разбора казачьих претензий генерал Траунбенберг с отрядом войска. Не разбирая жалоб казаков, Траунбенберг потребовал от них повиновения воле начальства и пригрозил им оружием, выставив пушки. Казаки ударили в набат, бросились на отряд Траунбенберга и завладели пушками. Приверженец правительства атаман Тамбовцев был повешен. Траунбенберг изрублен саблями; председатель следственной комиссии капитан Дурново тяжело ранен.
Для подавления восстания казаков из Оренбурга был послан второй отряд под начальством генерала Фреймана. Казаки вышли против него с оружием в руках, но были разбиты. В войске начался сыск, пытки и казни. Вызванные из Уфы и Казани палачи работали до изнеможения. Казаков сажали на колья, вешали за ребра, рубили им головы, клеймили и ссылали в каторжные работы; казаки не унялись и готовили новое восстание, подыскивая себе вождя. Вождь нашелся — это был донской казак Емельян Пугачев.
Пугачев был свидетелем казни яицких казаков. В это время он скрывался в иргизских раскольничьих скитах. В конце 1772 г. он прибыл в Яицкий городок и в беседах с казаками стал резко порицать начальство за пытки и казни, подговаривая недовольных бежать в Турцию. По доносу некоторых «послушных» казаков Пугачев был схвачен и отправлен в Казань. 19 июня 1773 г. ему удалось бежать из Казани, и он снова появился на Яике. В связи с его прибытием, среди казаков распространился слух, что на Яик прибыл «государь Петр III», который спасся от смерти при помощи караульного офицера. Комендант города Симонов нарядил особые команды для поимки Пугачева. Среди казаков начался сыск. Некоторые единомышленники были схвачены и под пытками сознались в подготовке восстания. Это ускорило ход событий. Пугачев, имевший намерение выступить во время осеннего багренья, когда все войско будет в сборе, был вынужден начать восстание немедленно. Он объявил себя императором Петром III, и 18 сентября в сопровождении 300 казаков подступил к Яицкому городку. Комендант Симонов выступил против Пугачева с отрядом, но казаки, бывшие в его отряде, ему изменили, после чего он был вынужден вернуться в крепость. Пугачев двинулся в Илецкий городок, рассылая по казачьим станицам свои манифесты.