Первый удар намечалось нанести по аэродромам, где находились дальние и средние бомбардировщики, повторный — по аэродромам базирования истребителей и истребителей-бомбардировщиков. В последнюю очередь планировались вылеты на уничтожение транспортных самолетов и вертолетов. При отсутствии сопротивления в воздухе истребители прикрытия должны были участвовать в ударах по наземным целям. Однако экипаж каждого самолета получил указание оставить в резерве часть боеприпасов для отражения возможных атак со стороны перехватчиков противника на обратном маршруте.
Как отмечала зарубежная печать, при выборе времени удара учитывалось, что наибольшая настороженность у личного состава ВВС арабских стран отмечается в первые часы дежурства, начинающегося с рассветом, а через час после восхода солнца напряжение спадает.
В 7.10 утра 5 июня 1967 г. Израиль начал военные действия взлетом всех боевых самолетов, разделенных по группам. По плану намечалось нанести одновременный удар по 20 египетским аэродромам. Радиолокационная маскировка самолетов в полете над пустынной местностью Синая и северной части Египта была крайне затруднена, поэтому полет большинства групп совершался на предельно малой высоте (80 м). Применявшийся тактический вариант с широким обходным маневром был «отрепетирован» на тренировках в пустыне Негев. Расчет на внезапность в целом удался, только 50 арабских самолетов смогло подняться на перехват. Заход на цели осуществлялся со стороны Ливии, только близлежащие аэродромы на Синае подвергались лобовому удару. Бомбы сбрасывались залпом с ходу с малым углом пикирования без дополнительных маневров после кратковременного набора высоты.
«Практика египтян, — писал журнал «Авиэйшн уик», — выравнивать самолеты на открытых стоянках в линию привела к тому, что от израильских летчиков не требовалось затраты больших усилий на прицеливание и атаку при заходе вдоль стоянки». Никаких попыток подавить зенитный огонь не предпринималось, поскольку все боеприпасы предназначались для поражения самолетов на земле.
В повторных ударах бомбардировке израильской авиации подверглись все оставшиеся аэродромы, в том числе на территории Сирии, Иордании и Ирака (включенные в план нападения), а повторно — те, на которых отмечалось наибольшее сосредоточение техники. По итогам первого дня было совершено около 3000 самолето-вылетов, выведено из строя 374 арабских самолета, потери Израиля составили 19 самолетов. Всего за первые 60 часов войны (с учетом ударов 6 и 7 июня) был поражен 451 арабский самолет, потери Израиля достигли 40 самолетов, убито 34 летчика. После завоевания превосходства в воздухе израильская авиация переключилась на поддержку сухопутных войск.