Реформация дала мощный толчок наваррскому сепаратизму. Распространение нового учения как нельзя более подходило для сохранения самобытности страны. Во Франции подвергнуть сомнению учение католической церкви значило бросить вызов государству, тесно связанному с ней всеми своими структурами. В Булонском конкордате Франциск I добился от папы главенства над французской церковью, но все равно она занимала ключевые позиции в политической и общественной жизни страны. Она возвышалась над королем, благодаря учению о божественном происхождении монархии. Король был обязан поддерживать и защищать религию, так как Господь Бог именно на этих условиях возложил на него священную обязанность царствовать над своим народом. Клятва, которую он давал при коронации, обязывала его всецело подчиняться церкви.
Франциск I, будучи гуманистом, интересовался новыми идеями и покровительствовал некоторым передовым мыслителям. Но однажды он вынужден был прекратить эти опасные игры, а именно в тот момент, когда эти идеи стали достоянием улицы, способствуя нарушению общественного порядка и грозя противопоставить церковь государству (1534 г.). Его сестра Маргарита разделяла подобные пристрастия, но была свободнее в своих действиях и пошла дальше своего брата по этому опасному пути. По воле судеб она стала правительницей полунезависимого государства. Поселившись в Нераке, Маргарита Ангулемская вырвалась из атмосферы нетерпимости, царившей в Париже после знаменитого «Дела о пасквилях». Она испытала на себе его последствия, так как одно из ее мистических произведений «Зеркало грешной души» было запрещено факультетом теологии Сорбонны. Благодаря ей Нерак стал прибежищем всех гонимых. С Маргаритой туда приехал ее духовник Жерар Руссель, чьи проповеди вызвали скандал при французском дворе. Ее гостеприимством пользовались другие гонимые гуманисты: Клеман Моро, Жан Кальвин, Лефевр д'Эпиналь, проповедовавший Священное Писание на родном языке, а не на латыни. Под их влиянием соседние города Сен-Фуа-ла-Гранд, Бержерак, Ажан, Клерак и в 1542 г. Ла Рошель приобщились к протестантизму. Кальвин и Теодор де Без с 1547 г. поддерживали тесные контакты с новыми религиозными общинами. Через три года в гасконском городе Мон-де-Марсан был сожжен первый мученик за веру.
Королева Маргарита рисковала вызвать недовольство со стороны мужа. Но этого не произошло. Генрих д'Альбре был противником насилия и всяческих крайностей и не относился к реформаторскому движению враждебно. Доказательством этому служит то, что после смерти Маргариты он не отказал в покровительстве Жерару Русселю. Народный катехизис распространился по всем его владениям. В Беарне даже начали каждое воскресенье читать на родном языке Деяния апостолов, Десять заповедей и Отче наш. К несчастью, этот умный компромисс просуществовал недолго. Кальвинистские священники сочли его недостаточным. Они стали проповедовать более смелые доктрины, чем эта народная религия, сохраняющая верность римской католической церкви. Их новаторское учение в первую очередь привлекло королевских чиновников, а также пастухов, перегонявших стада до самой Гиени.