В 1808–1813 годах служил на Балтийском флоте. Участвовал в русско-шведской войне 1808–1809 годов и Отечественной войне 1812 года.
В 1813 году лейтенант Лазарев получил новое назначение – командовать шлюпом «Суворов», отправляющимся в кругосветное плавание. В марте 1819 года Лазарев назначен командиром шлюпа «Мирный», которому предстояло отплыть к Южному полюсу. Лазарев принял на себя непосредственное руководство всеми подготовительными работами. За участие в Антарктической экспедиции Лазарев был про изведен в капитаны 2-го ранга, минуя чин капитан-лейтенанта.
27 февраля 1826 года Михаил Лазарев становится командиром 12-го флотского экипажа и 74-пушечного корабля «Азов». На нем он совершил переход из Кронштадта в Средиземное море, где 8 октября 1827 года принял участие в Наваринском сражении. За него Лазарев был произведен в контр-адмиралы и награжден сразу тремя орденами (греческий – «Командорский крест Спасителя», английский – «Бани» и французский – «Святого Людовика»), а его корабль «Азов» получил Георгиевский флаг. Позднее произведен в адмиралы.
В 1832 году Лазарев стал начальником штаба Черноморского флота, где провел важнейшие технические и идеологические реформы.
Михаил Петрович Лазарев похоронен в склепе Владимирского собора в городе Севастополе. Там же похоронены его ученики и последователи: адмиралы Нахимов, Корнилов, Истомин.
Для русских Наваринское сражение имело колоссальное значение. В нем на линейном корабле «Азов» участвовали и закаляли свой дух молодые офицеры и будущие флотоводцы – герои Синопа и Севастопольской обороны 1854–1855 годов лейтенант Павел Степанович Нахимов, мичман Владимир Алексеевич Корнилов и гардемарин Владимир Иванович Истомин. Этот уголок греческой провинции и служение России навсегда связали судьбы столь выдающихся людей, даже смерть не смогла разлучить их. Все они погибли при защите Севастополя (1854–1855) и были похоронены в одном склепе, том самом, где упокоился прах их командира и наставника адмирала М. П. Лазарева, участника Наваринского сражения. Именно он (в тот момент – капитан 1-го ранга) командовал флагманским кораблем «Азов». Наш флагман уничтожил пять турецких кораблей, в том числе фрегат командующего турецким флотом. В корабль было 153 попадания, семь из них ниже ватерлинии. Повреждения оказались достаточно серьезными. Полностью «Азов» был отремонтирован только в марте следующего года. С этим славным кораблем связано первое появление в истории русского флота такого понятия, как кормовой Георгиевский флаг. «Азов» получил его за боевые подвиги в сражении. С «Азова» начались традиции гвардейских флотских экипажей. Все корабли-преемники носили гордое имя «Память Азова».