Указом Президиума Верховного Совета №1608-XII от 7 октября 1991 года «О подчинении Украине дислоцированных на её территории военных частей и подразделений Железнодорожных войск СССР, войск правительственной связи (далее – ПС) КГБ СССР и Гражданской обороны СССР, и военной техники и имущества Министерства обороны СССР, переданных безвозмездно учебным организациям Общества содействия обороне Украины» все дислоцированные в Украине части ПС были подчинены государственным и военным структурам Украины.
16 января 1992 года военнослужащие частей ПС приняли присягу на верность украинскому народу. На войска ПС были возложены задачи по резервированию полевыми средствами стационарной сети ПС и обеспечению абонентов ПС с мест чрезвычайных ситуаций. Летом 1993 года войсками ПС были оперативно развёрнуты полевые узлы и организована ПС в интересах министра обороны Украины и его заместителей.
В дальнейшем организационно-штатная структура воинских частей ПС была значительно усовершенствована и приведена в соответствие с принятой системы управления Вооружёнными Силами (далее – ВС) Украины. В результате преобразования воинских частей ПС в территориальные узлы ПС, а также за счёт перехода на контрактную основу прохождения военной службы было проведено значительное сокращение их штатной численности.
Идея выделения системы ПС из органов госбезопасности специалистами поддержана не была. Особенно остро на эту идею отреагировал Председатель КГБ УССР Марчук Евгений Кириллович. Он на одной из сессий Верховного Совета прямо заявил: «Если вы заберёте правительственную связь, то я от неё, как председатель, отказываюсь, потому что не буду уверен, что будет обеспечена секретность моих переговоров».
В результате в марте 1992 года был принят Закон Украины «О Службе безопасности Украины» (далее – СБУ), который законодательно определял порядок обеспечения засекреченной правительственной, конфиденциальной и шифрованной документальной связью государственные органы именно органами СБУ.
Подразделение президентской связи было создано приказом Председателя СБУ №030 от 17 февраля 1992 года, которое уже в середине 1993 года было способно выполнять поставленные задачи. Сегодня подразделения ПС готовы организовать высшим должностным лицам государства надёжную ПС в местах постоянного пребывания во время их рабочих поездок по Украине и визитов в зарубежные страны из любого места земного шара.
Также специалистами ПС на основе украинского фрагмента системы засекреченной оперативной связи КГБ СССР была создана система конфиденциальной связи СБУ с использованием аппаратуры засекречивания временной стойкости. Такие направления ПС как связь в интересах Президента Украины и связь с зарубежными представительствами Украины пришлось формировать заново.