Задачи по развитию и совершенствованию системы специальной связи требовали разработки современных подходов с учётом существующих к тому времени реалий и возможностей. Необходимо было создавать новые системы и средства связи, разрабатывать концепции и современные механизмы обеспечения безопасности и защиты информации в системах специальной связи.
Так, в 1991 году Запорожский завод «Радиоприбор» начал выпуск аппаратуры засекречивания гарантированной стойкости: канальной «Аргунь» и абонентской «Циркон», продолжая как и раньше выпускать командно-штабную машину Р-142Н на транспортной базе ГАЗ-66.
Одновременно продолжалось тесное сотрудничество с Россией, поскольку там осталась вся интеллектуальная часть криптографической деятельности. Все шифровальные средства изготавливалась на российской территории, и все шифры поставляло Федеральное агентство ПС и информации России (далее – ФАПСИ).
15 мая 1992 года в Ташкенте было подписано соглашение между государствами – участниками Союза независимых государств (далее – СНГ), т.е. странами бывшего СССР, об обеспечении безопасности используемых ими шифровальных средств российского производства. 27 августа 1992 года Правительство РФ приняло решение и информировало глав государств – участников СНГ о назначении ФАПСИ компетентной организацией, которой поручено проведение переговоров по вопросам, вытекающим из этого соглашения.
Именно тогда с учётом важности и масштабности поставленных перед подразделениями ПС задач, были приняты решения о создании в структуре СБУ Главного управления правительственной связи (далее – ГУПС), а в нём предусмотреть создание принципиально новых подразделений: научно-техническое управление, управление защиты информации (криптография) и службу президентской связи.
Приказом Председателя СБУ №0160 от 12 октября 1992 года был утверждено штатное расписание ГУПС, а начальником был назначен Сёмушев Юрий Николаевич. В кратчайшие сроки специалистами ГУПС на основе украинского фрагмента системы ПС СССР была создана Государственная система ПС с использованием аппаратуры засекречивания гарантированной стойкости.
Для решения вопросов криптографии были привлечены специалисты из Института кибернетики. Также были задействованы офицеры Высшего военного училища связи, которое занималось разработкой космических средств связи. Таким образом, удалось укомплектовать кадрами Управление защиты информации ГУПС. При этом в полной мере был использован не разрушенный ещё тогда научно-технический потенциал УССР.
Финансирование системы ПС на тот момент осуществлялось по остаточному принципу: главная профильная задача СБУ – контрразведка, разведка и другие специальные подразделения, которые обеспечивались в первую очередь. Учитывая, что такое положение приведёт к деградации системы ПС, руководство ГУПС вышло с предложением финансироваться из госбюджета отдельной строкой.