1. Департамент обеспечения деятельности Председателя Службы
2. Департамент организации правительственной связи
3. Департамент правительственной полевой связи
4. Департамент регулирования деятельности в сфере КЗИ
5. Департамент экспертизы в сфере КЗИ
6. Департамент регулирования деятельности в сфере ТЗИ
7. Департамент стратегии развития специальных ИТС
8. Департамент по вопросам защиты информации в ИТС
9. Департамент по вопросам противодействия техническим разведкам
10. Департамент безопасности ИТС
11. Департамент государственного контроля за состоянием КТЗИ
12. Департамент кадрового обеспечения
13. Департамент хозяйственного и материально-технического обеспечения
14. Финансово-экономический департамент
15. Управление контроля безопасности правительственной связи
16. Управление по вопросам использования радиочастотного ресурса
17. Контрольно-ревизионное управление
18. Юридическое управление
19. Режимно-секретное управление
20. Мобилизационный отдел
21. Отдел внутренней безопасности
22. Отдел военных представительств
23. Сектор технического и пожарного надзора и охраны труда
24. Сектор метрологии.
С целью организации и координации научных исследований по проблемам обеспечения защиты государственных информационных ресурсов в ИТС, создание и внедрение систем специальной связи, средств КТЗИ распоряжением Кабинета Министров № 544 — р от 8 ноября 2006 года был образован Государственный научно-исследовательский институт специальной связи и защиты информации, который в своей деятельности подчиняется Администрации Госспецсвязи.
14 декабря 2006 года Верховным Советом был принят Закон «О Дисциплинарном Уставе Госспецсвязи». 27 декабря 2006 года Кабинетом Министров были приняты следующие решения по вопросам деятельности Госспецсвязи:
— № 1828 «Об утверждении «Положения о прохождении службы в Госспецсвязи лицами рядового и начальствующего состава»;
— № 658-р «О создании Института специальной связи и защиты информации НТУУ «КПИ».
Постановлением Кабинета Министров № 1812 от 27 декабря 2006 года Председателем Госспецсвязи был назначен генерал-майор Чеботаренко Юрий Борисович, который ранее возглавлял Департамент информационной безопасности и оперативно-технических мероприятий СБУ.
С 1 января 2007 года Государственная служба специальной связи и защиты информации Украины начала свою служебную деятельность согласно возложенных на нее задач и функций в соответствии с требованиями вышеуказанных нормативно-правовых актов Украины. Символика Госспецсвязи (эмблема и флаг) была утверждена Указом Президента № 10 от 11 января 2008 года.