Успех многих патогенов зависит и от изощренной стратегии вторжения в экосистему кишечника, и от плана выживания. Нет смысла заявляться без приглашения, если нельзя остаться достаточно надолго, чтобы насладиться всеми преимуществами благоприятной обстановки. Salmonella, добиваясь выживания, дестабилизирует ситуацию в кишечнике таким образом, чтобы получить бесперебойный доступ к ресурсам. Дестабилизация в данном случае — это диарея и воспаление кишечника. Такая радикальная смена обстановки в кишечнике мешает полезным бактериям снова укрепить свое положение и вернуть себе ресурсы, которые забирает Salmonella. Изменяя основные правила функционирования кишечной экосистемы, «темные личности» получают преимущество перед положительными героями.
Обычно мы рассматриваем воспаление — реакцию иммунной системы на инфекционную атаку — как помощь организму в избавлении от нежелательных захватчиков. Но некоторые патогены научились провоцировать реакцию иммунной системы, которая работает в их пользу. Salmonella сначала сталкивается с трудностью размножения в рамках микрофлоры. Нарушения, вызванные антибиотиками, помогают ей преодолеть эти проблемы. Выполнив первую задачу, Salmonella переходит к следующей: вызывает воспаление, которое меняет правила жизни в кишечнике, делая их выгодными для нее. Эта бактерия, как и многие другие возбудители инфекций, мастерски обращает иммунные реакции хозяина себе на пользу.
Сила в количестве — это один из принципов защиты, которую обеспечивает микрофлора. Очевидно, что колонизационная резистентность — это не просто игра в исключение. Микрофлора поддерживает постоянный диалог с кишечником. Микробы могут помочь иммунной системе организовать ответ, чтобы справиться с угрозой, но при этом избежать аутоиммунной реакции и чрезмерного урона для микрофлоры. Некоторые микробы в кишечнике принимают прямое участие в уничтожении патогенов, выделяя собственный набор антибиотиков. У антибиотиков, производимых микрофлорой, похоже, меньше побочных эффектов. Это выгодно отличает их борьбу с патогенами от «ковровой бомбардировки» высокими дозами препаратов, разработанных фармацевтическими компаниями.
Кроме падения колонизационной резистентности существует еще одна реальная угроза, связанная с широкомасштабным применением антибактериальных средств: так называемые устойчивые к антибиотикам супербактерии. Слишком частое использование антибиотиков стало причиной появления в высшей степени защищенных бактерий, которые могут пережить атаку значительной части самых сильных препаратов. Как же это случилось? Когда группа бактерий, например живущих в кишечнике, сталкивается с антибиотиком, у одной из них может случайно оказаться генетическая особенность: невосприимчивость к лекарству. Эта бактерия, выжив, размножится даже в присутствии антибиотика и породит целую армию мутантного устойчивого бактериального вида. Бактерии умело делятся генами (этот процесс называется горизонтальным переносом генов), поэтому бактерии, находящиеся в непосредственной близости к невосприимчивому микробу, могут получить копию заветного гена — и стать устойчивыми к антибиотикам. Можно представить себе сценарий, в котором после нескольких курсов антибиотиков гены устойчивости становятся все более и более распространенными в микрофлоре. Если в это время через кишечник будет проходить патоген, он может заимствовать один или несколько генов устойчивости от микрофлоры, таким образом родится потенциальная супербактерия.