Вместе с тем, природные условия архипелага предопределили и значительную изолированность друг от друга отдельных регионов. Начиная по крайней мере с VII в. и вплоть до середины XIX политико-административная карта Японии неизменно подразделялась приблизительно на 60 провинций. Подавляющее большинство из них располагало выходом к морю, а также имело в своем составе как равнинные, так и горные участки, что делало их в значительной степени самообеспечивающимися образованиями. Такая самообеспеченность ресурсами явилась предпосылкой политического сепаратизма, который наблюдался на протяжении весьма продолжительного исторического периода (безо всяких оговорок о «единой Японии» можно говорить лишь начиная с середины XIX в.).
Кроме того, следует отметить большую протяженность Японского архипелага. Узкая гряда островов вытянута в направлении с северо-востока на юго-запад в пределах 45°-24° северной широты. Поэтому условия обитания населения разных регионов Японии весьма различны. К тому же обилие гор способствует консервации локальных особенностей стиля жизни. Еще в прошлом веке обитатели севера и юга Японии испытывали значительные лингвистические затруднения при общении друг с другом (не изжиты они окончательно и в настоящее время).
Вплоть до второй половины XIX в. из зоны японской культуры и истории в значительной степени выпадал о-в Хоккайдо̄̄ (прежде всего потому, что там было невозможно рисоводство, а японское государство было заинтересовано в первую очередь в освоении территорий, потенциально пригодных для возделывания риса). Архипелаг Рю̄кю̄ в силу его удаленности от островов Кю̄сю̄ и Хонсю̄̄ также вел вполне независимое культурно-хозяйственное и историческое существование и окончательно попал в сферу влияния Японии только после присоединения к ней в 1879 г., когда пыла образована префектура Окинава.
Короткие и бурные японские реки, берущие свое начало в горах, текут только в широтном направлении. Поэтому их значение и качестве транспортных и информационных артерий было достаточно ограничено, и они не играли важной объединяющей хозяйственной и культурной роли, свойственной рекам в других цивилизациях. Альтернативу речному сообщению представляли собой прибрежные морские пути и, в особенности, сухопутные дороги, строительство которых активизировалось в периоды сильной централизованной власти (периоды Нара, Токугава, Мэйдзи).
Следует подчеркнуть особое значение моря для хозяйственной жизни японцев. В непосредственной близости от архипелага встречаются теплые и холодные морские течения, что создает очень благоприятные условия для размножения планктона и воспроизводства рыбных запасов. В настоящее время в прибрежных водах Японии обитает 3492 вида рыб, моллюсков и морских животных (в Средиземном море — 1322, у западного побережья Северной Америки — 1744). Подавляющее большинство их концентрируется в районе о-вов Рю̄кю̄, однако наиболее продуктивные виды добываются у берегов Хонсю̄̄ и Хоккайдо̄̄. Особенно важным фактором с точки зрения добычи пищевых ресурсов было наличие богатых запасов кеты и горбуши, поднимающейся на нерест в реки северо-восточного Хонсю̄ и Хоккайдо̄.