В 1246 г. вернулся в Чернигов и отправился в ханскую ставку, видимо надеясь получить ярлык — право на княжение. 20 сентября 1246 г. был убит в ханской ставке вместе с сопровождавшим князя боярином Феодором.
Дочь Михаила, княгиня Марья, вдова убитого татарами ростовского князя Василька, установила церковное почитание Михаила и Феодора как мучеников за православную веру и построила в их честь церковь в Ростове. Тогда же было составлено краткое сказание о смерти мучеников, на основе которого к концу XIII в. написано «Слово о новосвятых мучениках». В «Слове» рассказывается драматическая история смерти Михаила. Приходившие к Батыю на поклон должны были под наблюдением волхвов проходить сначала через очистительный огонь и поклониться идолам. Князь перед страшной поездкой отправился к своему духовнику, и тот наказал ему не прельщаться «славой мира сего», не поклоняться идолам и не принимать питья и пищи от язычников. Таковы были традиционные (канонические) запреты православной церкви. Михаил и Феодор отвечали готовностью пролить кровь за христианскую веру. В ставке Михаил отказался кланяться идолам; Батый велел выбирать — жизнь и княжение или казнь за непослушание. Михаил отвечал, что готов поклониться хану — царю мира сего, ибо он поставлен Богом, но идолам кланяться не будет. Татары забили князя насмерть, желая устрашить Феодора, но тот не внял их предложениям принять княжение вместо Михаила и принял мученическую смерть, «Слово» воплотило идею духовного сопротивления завоевателям в тяжелейший период ордынского ига.
Из Черниговской земли рано выделилось Муроме-Рязанское княжество. В 1127 г. Всеволод Ольгович выгнал своего дядю Ярослава из Чернигова в Муром. В 1129 г. он оставил Муром, Рязань и Пронск своим сыновьям. До середины XII в. старший в роду муромско- рязанских князей сидел в Муроме, но затем первенство перешло к Рязани. Муромские и рязанские князья тщетно пытались сохранить независимость от более сильных черниговских и владимиро-суздальских соседей; во время усобицы 1177 г. в Суздальской земле рязанский князь Глеб попытался даже посадить своего ставленника во Владимире. Но Всеволод Большое Гнездо разбил рязанцев, и княжество попало в зависимость от победителей — рязанские князья ходили в походы против черниговских. Когда в 1207 г. рязанцы попробовали переметнуться к удачливому черниговскому князю Всеволоду Чермному, великий князь Всеволод отправил против них владимирское и новгородское войско — карательный поход вернул Рязанскую землю под власть владимиро-суздальских князей.