В марте 2006 года Генпрокуратура РФ на основании материалов, подготовленных в рамках возбужденного 16 февраля уголовного дела о «насильственном захвате власти», направила обращение в Лондон с целью добиться выдачи Березовского. В июне Магистратский суд Лондона отказал в удовлетворении запроса. Отказ был мотивирован тем, что Соединенное Королевство предоставило Березовскому политическое убежище.
В начале августа 2007 года московский Басманный районный суд вновь выдал санкцию на арест Березовского в связи с обвинением в организации в 1997 году хищения путём мошенничества кредита в 13 млн долларов у банка «СБС-Агро», который был потрачен «на покупку недвижимости на средиземноморском побережье Франции». 17 февраля 2011 года по просьбе российской прокуратуры в Антибе на Лазурном берегу Франции было арестовано различное имущество, принадлежащие бизнесмену Борису Березовскому, на общую сумму в 74 млн евро.
Французские правоохранительные органы опечатали две яхты — 50-метровую «Thunder B» и 15-метровую «Lightning» оценочной стоимостью около 20 млн долларов. Они базировались в заливе Жуан, рядом с расположенной на мысе Антиб виллой Березовского — Château de la Garoupe, приобретённой в 1997 году за 13 млн евро. На виллу также был наложен арест. Помимо яхт, французскими полицейскими в присутствии следователя и прокурора из России было изъято и другое ценное имущество Березовского, в частности коллекция картин. Марсельская прокуратура с 2005 года вела расследование о возможном отмывании денег Березовским путём приобретения недвижимости во Франции.
В ответ на сообщения прессы Березовский заявил, что у него нет яхт во Франции и что ему ничего не известно об аресте какого-либо его имущества в этой стране. В ходе судебного разбирательства выяснилось, что арестованное имущество было зарегистрировано не на самого Березовского, а на созданный им в 2001 году имущественный траст — Itchen Trust, зарегистрированный на Гибралтаре, на который по французскому законодательству предъявленные Генпрокуратурой России претензии не распространялись. В результате арест с имущества был снят.
Летом 2007 года на Березовского было предотвращено покушение. Информацию о готовящемся покушении получили британские разведка и контрразведка MI-5 и MI-6. Сведения о планировавшемся покушении получили огласку спустя всего сутки после того, как Британия решила выслать четырех российских дипломатов из-за отказа Москвы выдать Андрея Лугового.
Предполагаемый киллер был задержан полицией 21 июня в отеле Hilton на Парк-лейн в Западном Лондоне, где он должен был открыто застрелить Березовского и сдаться полиции. Задержание произошло непосредственно перед тем, как киллер собирался убить Березовского. Он якобы намеревался выстрелить в голову Березовскому сзади, однако его схватили до того, как он успел открыть огонь. По данным газеты, полиция и спецслужбы вели наблюдение из номера, примыкающего к номеру, куда собирались заманить политэмигранта. Источник в полиции утверждал, что «наблюдение зафиксировало, как подозреваемый россиянин попытался приобрести огнестрельное оружие, явно для запланированного убийства».