17 ноября того же года офицеры расформированного к этому времени Управления по разработке и пресечению деятельности преступных объединений ФСБ провели беспрецедентную пресс-конференцию в здании «Интерфакса». Пять офицеров УРПО (в том числе начальник 7-го отдела УРПО подполковник Александр Гусык, сотрудники этого же отдела — подполковник Александр Литвиненко и майор Андрей Понькин) и примкнувший к ним подполковник Михаил Трепашкин, в свое время уволенный из ФСБ и опротестовавший это решение в суде, заявили, что им поручались и другие грязные дела, а после отказа на них началось давление. Будто бы им приказали захватить в заложники с целью получения выкупа брата гендиректора СП «Интурист Радамер — гостиница и деловой центр» Умара Джабраилова и проломить голову подполковнику ФСБ Михаилу Трепашкину, выигравшему суд у тогдашнего директора ФСБ Николая Ковалева. После этого все офицеры были уволены из контрразведки.
В 1999 году подполковник Литвиненко уволился из ФСБ и устроился руководителем службы безопасности Березовского, являвшегося в тот момент исполнительным секретарем СНГ. В марте 1999 года он был арестован по обвинению в превышении полномочий и помещён в следственный изолятор ФСБ «Лефортово». В ноябре 1999 года его оправдали, но прямо в зале суда, после зачитанного ему оправдательного приговора, Литвиненко арестовали сотрудники ФСБ и поместили в СИЗО Бутырской тюрьмы по новому уголовному делу аналогичного содержания. В 2000 году оно тоже было прекращено прокуратурой за отсутствием состава преступления, но в тот же день против Литвиненко было начато третье уголовное дело, а он сам освобождён под подписку о невыезде. Близкий друг Литвиненко и Березовского Александр Гольдфарб так описал роль Владимира Путина в деле Литвиненко: «На следующий день (22 апреля 1999 года. — Б.С.) Борис (Березовский. — Б.С.) отправился на встречу с Путиным в его новый кабинет в здании ФСБ. Бориса встретил ничем не примечательный человек — копия Путина, который проводил его в новенький директорский кабинет на четвертом этаже. В кабинете сделали ремонт, чтобы он соответствовал аскетическим вкусам Директора: светлая деревянная мебель, весьма функциональная — вероятно, влияние лет, проведенных Путиным в Восточной Германии. Прежний кабинет руководителя ФСБ, в котором его бывшие хозяева, такие как Берия и Андропов, занимались планированием холодной войны, был превращен по приказу нового директора в комнату-музей.
Небольшая фигура Путина казалась еще меньше за огромным столом, на котором Борис заметил бронзовый бюст Феликса Дзержинского, создателя советской тайной полиции.