Позиция Глушкова оказалась зафиксирована в его письменном заявлении, посланном в суд. По словам предпринимателя, он, заняв пост заместителя директора «Аэрофлота» по финансам, провел финансовый аудит компании и обнаружил, что ее руководство не контролирует доходы: средства от продажи авиабилетов переводились на сотни банковских счетов, которые контролировали около 150 платежных офисов в регионах. Глушков хотел преобразовать «Аэрофлот» в национальную авиакомпанию по образцу Lufthansa или British Airways с единым офисом для платежей.
Глушков заявил, что решил избавиться от бремени, которое накладывало на компанию содержание агентов спецслужб под прикрытием. С этой целью он «написал письма руководителям двух главных разведывательных служб России, в которых предложил их структурам самим платить зарплаты в “Аэрофлоте” с учетом того, в какой степени они использовали компанию». «По его словам, финансовое положение компании немедленно улучшилось».
В 1996 году Глушков собрал в Швейцарии «представителей “Аэрофлота” со всего мира», чтобы обсудить распределение доходов компании. После этого на предпринимателя начали оказывать давление спецслужбы. Ему звонили лично руководители силовых структур, в частности начальник службы безопасности президента Александр Коржаков: по утверждению Глушкова, Коржаков угрожал ему «открутить голову» и «посадить в тюрьму», если топ-менеджер «Аэрофлота» «продолжит нарушать права ФСБ». Сам Коржаков отрицает, что угрожал Глушкову.
Затем Глушков написал письма руководителям «двух главных шпионских служб» России (предположительно ФСБ и СВР), в которых предложил их ведомствам самостоятельно платить зарплаты в «Аэрофлоте», учитывая, как активно они используют авиакомпанию. Сразу после этого, отметил Глушков, финансовое положение «Аэрофлота» резко улучшилось.
В «Аэрофлоте» заявили, что авиакомпания ни сейчас, ни когда-либо еще не была «казначеем российских служб безопасности». По словам пресс-секретаря «Аэрофлота» Андрея Соргина, компания не собирается ничего предпринимать в связи с обвинениями Глушкова, поскольку он умер, но если бы бизнесмен был жив, ему «пришлось бы столкнуться с серьезным гражданским судебным разбирательством» в Британии.
Когда российские правоохранительные органы начали уголовное расследование финансовых махинаций внутри «Аэрофлота», заместитель главы авиакомпании был арестован и помещен в СИЗО. Суд оправдал Глушкова по обвинениям в хищении и легализации средств. Однако ему было назначено наказание в виде трех лет и трех месяцев лишения свободы условно за злоупотребление служебными полномочиями. В 2004 году, с учетом времени нахождения под арестом в рамках следствия, Глушков был отпущен, после чего покинул Россию. В 2010 году он получил политическое убежище в Великобритании, где уже находился его патрон, Борис Березовский. Тем временем в России против него было вновь возбуждено уголовное дело. В марте 2017 года в Москве он был заочно осужден на восемь лет заключения за хищение на сумму 123 млн долларов у «Аэрофлота». Перед этим, еще в 2016 году, Глушков утверждал, что «это тухлое уголовное дело, но оно, конечно же, будет заслушано, и, конечно же, я буду осуждён и приговорён к “расстрелу в течение десяти лет без права на помилование”».