В 1805 г. «для установления дальнейшего надзора по части практической, судебной и полицейской медицины» была учреждена должность генерал-штаб-доктора по гражданской части, в 1812 г. генерал-штаб-доктор получил звание главного инспектора практической, судебной и полицейской медицины империи. В 1836 г. вместо канцелярии генерал-штаб-доктора были учреждены два медицинских департамента при МВД: один был предназначен для управления медицинскими чиновниками и учебными медицинскими заведениями, другой заведовал «делами судебной медицины и медицинской полиции». К судебно-медицинским функциям департамента относилось «рассмотрение судебно-медицинских рапортов и свидетельств по жалобам мест и лиц на неправильность или неудовлетворительность оных».
Согласно Положению о Медицинском совете (1841 г.) он являлся высшим в государстве «врачебно-ученым, врачебно-полицейским и врачебно-судебным местом». В судебно-медицинские обязанности Медицинского совета входило рассмотрение причин скоропостижной смерти в сомнительных случаях в уголовных и гражданских делах, а также «химическое испытание разных составов при судебных следствиях» и составление таксы оплаты за судебно-химические исследования.
Во второй половине XIX в. Главное управление гражданской врачебной частью при МВД, которое просуществовало до 1917 г., составляли Медицинский департамент, Медицинский совет и Совещательный Ветеринарный комитет.
В функции Медицинского департамента МВД входило управление гражданской медицинской частью, судебной медициной и медицинской полицией. Судебно-медицинские функции заключались в рассмотрении судебно-медицинских рапортов и свидетельств по жалобам врачебных управ и лиц на их неправильность или неудовлетворительность. В 1904 г. Медицинский департамент был упразднен, а все его дела были переданы в Медицинский совет вместе с двумя должностями экспертов по судебно-медицинской части.
В судебно-медицинские функции Медицинского совета во второй половине XIX в. входило рассмотрение заключений врачей при насильственной и скоропостижной смерти: дела об установлении причин скоропостижной смерти, когда выяснялись новые обстоятельства, указывающие на ее насильственный характер, смерти в результате телесных повреждений, дела о половых преступлениях, о состоянии умственных способностей обвиняемых и потерпевших, об оскоплении, а также разбор заключений врачей, если они расходились с заключениями врачебных управ или судебные власти сомневались в их правильности. В 1812–1822 гг. было проведено 57 таких дел, а в 1903–1912 гг. – уже 1304. Из гражданских дел в Медицинский совет поступали дела о добрачной неспособности к супружеской жизни (в 1903–1912 гг. их было 1634), по обвинению врачей и фармацевтов, о привлечении к ответственности за незаконное врачевание. Судебные следователи имели право непосредственно сноситься с Медицинским советом по предметам судебно-медицинских экспертиз, «…но не иначе как на основании особо составляемых ими постановлений, в которых… было бы обстоятельно объясняемо, почему именно ими признано необходимым просить по делу заключения Медицинского совета…»