Гром грянул в тот момент, когда его никто не ожидал. Павел Бакунин поведал фавориту Екатерины Григорию Орлову о том, что вокруг молодой супружеской четы наследника сформировалась группа заговорщиков, готовых свергнуть царствующую не по праву Екатерину и возвести вместо нее на престол законного наследника Павла Петровича. Граф Орлов сообщил об этом императрице. Она пришла в ярость, вызвала к себе сына и потребовала, чтобы он рассказал ей все начистоту. Испуганный Павел повинился перед матерью и принес ей список заговорщиков. Екатерина бросила его в камин, не читая: "Я не хочу знать, кто эти несчастные!" Но это был лишь красивый жест, все имена были ей известны из доноса Бакунина - воспитатель наследника граф Н. Панин, его брат, фельдмаршал П. Панин, княгиня Е. Воронцова-Дашкова, князь Н. Репнин и многие другие тогдашние вельможи и гвардейские офицеры.
Эти события заставили Екатерину призадуматься: из-за столь могущественной поддержки юный сын оказался гораздо более серьезной угрозой ее власти, чем она предполагала раньше...
Императрица решила не давать делу ненужной и опасной для нее огласки. Она освободила Н. Панина от обязанностей воспитателя наследника, щедро наградив его. Остальных заговорщиков не преследовали, но учредили за ними тайный надзор. А тут грянуло пугачевское восстание, и перед этой общей угрозой дворянство тесно сплотилось вокруг императрицы, которая, надо отдать ей должное, повела энергичную борьбу против бунтовщиков.
В апреле 1776 года, через год после казни Пугачева, умерла при неудачных родах жена наследника Наталья Алексеевна.
Говорили, будто Павел сильно грустил по поводу этой утраты, но мать быстро вывела его из этого состояния, показав найденные ею письма покойной снохи. Из них следовало, что доверенный друг наследника Андрей Разумовский, которого Павел сам отправил с эскадрой в Любек, чтобы доставить невесту в Петербург, соблазнил ее еще в пути! Шок, испытанный молодым вдовцом, был таков, что Екатерине не стоило больших трудов устроить второй брак. Новой супругой наследника стала виртембергская принцесса София-Доротея, получившая в православии имя Марии Федоровны.
В 1777 году после рождения первенца Александра Павел понял, почему мать так торопила его с женитьбой: младенца сразу же отняли у родителей и отдали на попечение назначенных императрицей воспитательниц.
Павлу и Марии разрешалось лишь время от времени навещать сына, но от его воспитания они были полностью устранены.
Так Екатерина приступила к осуществлению своего нового плана: передать престол внуку в обход законных прав своего сына. Следующий внук Константин - также был отобран у родителей: Екатерина готовила его на престол будущей византийской империи со столицей в Константинополе, которую она собиралась создать после изгнания турок из Европы.