Современное исследование штаммов вируса КЭ (В.И.Злобин, О. З. Горин) показало, что на территории России обнаружено, пять антигенных вариантов (подтипов) вируса КЭ, имеющих распространение на определенных территориях:
■ Дальневосточный подтип вируса КЭ – Дальний Восток, Восточная и Западная Сибирь, Прибалтика, Калининградская область, Урал.
■ Западный (центрально – европейский) подтип – Центральная Европа.
■ Вергина – Центральная Европа, Удмуртия, Алтай, Ярославская область, Западная Сибирь.
■ Восточносибирский подтип – Восточная Сибирь.
■ Урало–сибирский подтип – Урал, Восточная и Западная Сибирь, Северо–запад Росси, Центральная Азия.
До последнего времени считалось, что на территории Беларуси циркулируют штаммы КЭ западного генотипа, Однако исследованиями, проведенными совместно с В.И. Злобиным, показано, что в Республике возможна циркуляция других генотипов вируса КЭ. Полученные результаты гибридизации показали, 9 штаммов относятся к генотипу 2 (западному) + штамм 256, один штамм 118–КЭ – к генотипу 1 (дальневосточному) + штамм Софьин.
Во внешней среде в составе мозговой суспензии на физиологическом растворе полностью собранная частица ВКЭ сохраняет жизнеспособность при комнатной температуре до 10 дней.
Вирус устойчив в кислой среде, в частности, в составе желудочного сока; вирус в крови или его суспензия в белковом растворе инактивируются при 56°С в течение 30 мин. Кипячение убивает вирус в течение 2–3 мин. В глубоко замороженном виде или лиофилизированном состоянии в вакууме вирус сохраняет жизнеспособность многие годы. Благодаря бислойной липидной природе оболочки, вирус чувствителен к эфиру, растворам лизола, спиртам.
Ареал вируса клещевого энцефалита в значительной степени совпадает с видовыми ареалами главных переносчиков I. persulcatus и I. ricinus. Соответственно, вирус клещевого энцефалита встречается на обширной территории от Атлантического до Тихого океана в различных типах лесных экосистем. Инфекция широко распространена по всей лесной и лесостепной умеренной климатической зоне Евразийского континента. Природные очаги имеются во всех странах западной, центральной, восточной и отчасти северной Европы, в частности, на Британских островах, во Франции, Германии, Швеции, Австрии, Чехии, Словакии, Венгрии, Польше, Беларуси, Российской Федерации, Прибалтийских странах.
ВКЭ переносится клещами вида I. persulcatus и I. ricinus. В некоторых очагах КЭ установлена зараженность вирусом других видов клещей: H. concinna, D. silvarum, D. pictus и др. Считается, что еще до 14 видов клещей являются носителями вируса в природе, но их эпидемическая роль невелика. Основным резервуаром вируса в природе являются его главные переносчики, иксодовые клещи. Врожденная инфицированность клещей поддерживает постоянный уровень вирусофорности этих насекомых. Дополнительным природным резервуаром вируса служат прокормители инфицированных клещей: многочисленные грызуны (полевая мышь, бурундук, заяц и др.), другие дикие и домашние животные, птицы. В природе вирус поддерживается постоянной циркуляцией по замкнутой цепи: клещи – животные–прокормители–клещи.