Инфицирование человека для ВКЭ является биологически тупиковым направлением, поскольку вирус дальше не передается к другому организму и выходит из природной циркуляции.
Для КЭ характерна весенне–летняя сезонность заболеваемости, связанная с сезонной активностью переносчиков. В ареале I. persulcatus подъем заболеваемости приходится на весну и первую половину лета, май–июнь месяцы, когда наиболее высока биологическая активность этого вида клещей. Для клещей вида I. ricinus характерен подъем биологической активности дважды за сезон. Инфицирование человека ВКЭ происходит во время кровососания голодных, зараженных вирусом, клещей. Кровососание самки клеща продолжается много дней, и при полном насыщении она увеличивается в весе 80–120 раз. Кровососание самцов длится обычно несколько часов и иногда остается незамеченным. Передача вируса КЭ может происходить в первые минуты присасывания зараженного клеща к человеку. Удаление клеща при сохранении «цементирующей пробки» из содержащей вирус слюны клеща в коже человека, вероятно, полностью не устраняет передачу инфекции. В одном высоковирусофорном клеще может содержаться преизбыточная доза возбудителя инфекции – до 10>10 вирусных частиц, из числа которых попадание в кровь человека одной миллионной доли вирусного пула может быть достаточно для развития инфекции. Численность иксодовых клещей в природных очагах на территории Беларуси составляет 2,5–3,5 особей на 1 флаго/км, а циркуляция вируса КЭ установлена в 93 районах республики (С.Е. Яшкова, Н.С. Себут, 2006). На территории Гродненской области численность клещей в природных очагах КЭ составляет 2,5–3,4 особей на 1 флаго/км (А.Р. Хутко с соавт., 2007), при индивидуальной зараженности (вирусофорности) клещей в естественных (диких) природных очагах от 2 до 15%. Уровень вирусофорности отдельного клеща зависит от его возраста и степени «напитанности». Максимальное содержание вируса устанавливается у клещей предельных физиологических возрастов. Низкий уровень вирусофорности у клеща наблюдается в фазе перехода его к активному состоянию. Доля клещей с высоким содержанием вируса среди напитавшихся особей значительно выше, чем у голодных сородичей. На основании этого феномена предполагается возможность ускоренного размножения вируса во время и после питания клеща. Концентрация вируса в I. persulcatus, напитавшихся на больных мышах, непрерывно возрастает, достигая максимума к 40 дню. За этот период количество вируса возрастает в 1000 раз.
Вирусофорность клещей по неустановленной причине подвержена очень резким межгодовым колебаниям (в 2–3 раза).