Открытие вируса КЭ и начало всестороннего изучения связанной с этим вирусом нейроинфекции на Дальнем Востоке было начато в 1937–1939гг. по распоряжению Наркомздрава бывшего СССР комплексной экспедицией под руководством Л.А.Зильбера. Из мозга и ликвора умерших от тяжелой острой формы энцефалита людей, в анамнезе которых часто упоминался укус лесным клещом, вирусологами был выделен и впервые охарактеризован ранее неизвестный вирус клещевого энцефалита (ДВКЭ). Немедленно были начаты исследования роли клещей в передаче данной природноочаговой инфекции, пути циркуляции вируса и его природного резервуара. По единой программе комплексно изучались этиология, эпидемиология, клиника, иммунология и патоморфология КЭ, началась разработка методов диагностики, лечения и вакцинопрофилактики данной инфекции (М.П. Чумаков).
Западный клещевой энцефалит (ЗКЭ) открыт также Л.А. Зильбером в 1946г. Вирус выделен на западе (Белоруссия) в 1940г. При сравнительном трехлетнем (1966–1968 гг.) изучении клещевого энцефалита на Западе (Беларусь) и в Хабаровском крае (те же районы, в которых работала первая экспедиция Л.А. Зильбера) В.И. Вотяков и И.И. Протас в 1971г. показали нозологическую самостоятельность этих двух болезней.
Успешное изучение клинических особенностей КЭ и лечение в течение многих лет проводились А.Г. Пановым, А.Н. Шаповалом,
А.А. Смородинцевым, А.П. Иерусалимским и др. Изучение молекулярной биологии, генотипирование ВКЭ, исследование глубоких связей между гетерогенностью генома природного клещевого пула вируса и вирулентности, патогенеза, клинических и эпидемиологических особенностей природно–очаговой нейровирусной инфекции КЭ, разработка ПЦР–анализа возбудителя инфекции сделаны благодаря расшифровке первичной нуклеотидной последовательности полного генома и аминокислотной последовательности полипротеина ВКЭ, выполненных А.Г. Плетневым, В.Ф. Ямщиковым и В.М. Блиновым. Другим значительным событием стали результаты исследований C.W. Mandl, F.X. Heinz, C. Kunz, Н. Holzmann, Е.К. Прессмана, Н.А. Цехановской, Л.Э. Матвеева, А.А. Кущ и др., позволившие получить авторские серии моноклональных антител к основным антигенам этого вируса и применить их в качестве лабораторного теста высокого разрешения для изучения иммуногенных, патогенных и других функциональных свойств структурных и неструктурных белков ВКЭ.
