Наступила ночь тридцатого января. Рудольф и Мария остались одни. За окном разыгралась непогода. Прощальные письма Марии были уже написаны. «Дорогая мама, прости мне то, что я делаю. Я не могу противиться любви. Хочу быть с ним на Алландском кладбище. Я буду счастливее в смерти, чем в жизни». Сестре она писала так: «Мы оба уходим в таинственный мир. Думай иногда обо мне. Будь счастлива, выходи замуж не иначе как по любви… Не плачь, я счастлива. Помнишь линию жизни на моей руке? Каждый год 13 января приноси цветы на мою могилу». Мария легла в постель, улыбнулась Рудольфу и закрыла глаза. Кронпринц помнил ее просьбу: она не хотела выглядеть страшной на смертном одре. Он приставил револьвер к ее виску и нажал курок. Это был, возможно, лучший выстрел в его жизни — лицо оставалось чистым, кровь окрасила только подушку.
Потом сел к столу и закончил письма. «Милая Стефания! — писал он жене. — Ты избавишься от моего присутствия. Будь добра к нашему несчастному ребенку, ведь это единственное, что останется после меня… Я спокойно иду навстречу смерти, которая единственная может сохранить моё доброе имя». Он написал также теплое письмо матери и ни слова отцу. Затем встал, спустился в лакейскую и растолкал спящего Лошека. Кронпринц велел разбудить его в шесть утра. Вернувшись в спальню, Рудольф заперся на ключ. Придвинул столик к постели и поставил на него зеркало. Лег рядом с Марией и, глядя на свое отражение, приставил дуло к виску. О том, как он будет выглядеть после смерти, он не заботился, действовал наверняка. Выстрел был убийственно точен — пуля снесла верхнюю часть черепа. В шесть утра Лошек постучал в дверь, ответа не было.
Побежал за Братфишем, потом позвали графа Хойоса и принца Кобургского. Взломать тяжелую дубовую дверь было невозможно, лакей прорубил отверстие топором. Ужасная картина предстала их глазам.
Граф Хойос помчался к железной дороге, встал на рельсах и остановил поезд, идущий в Вену. Через два часа граф был уже в Хофбурге. Некоторое время «особы, приближенные к императору», метались в замешательстве: кому доложить и как? Наконец сообщили императрице. Сиси была безутешна, она винила во всем дурную баварскую кровь. Сиси вызвала любовницу мужа Катарину Шратт, и обе заплаканные женщины вошли в кабинет Франца Иосифа. О реакции императора говорили разное; одни утверждали, что он рыдал, как дитя; другие передавали его первую фразу: «Мой сын умер, как портной… Всё еще хуже, чем правда». Некоторое время выбирали официальную версию кончины кронпринца: случайный выстрел на охоте, кровоизлияние в мозг; наконец, было официально объявлено, что кронпринц «в минуту душевного помрачения покончил с собой».