Одновременно было принято решение, что имя Марии Вечера никогда не будет названо в связи с гибелью кронпринца. А лучше, если оно вообще будет предано забвению. В одной из газет промелькнуло сообщение в две строки: «В ночь на 30 января скоропостижно скончалась баронесса Мария фон Вечера, восемнадцати лет от роду», но этот номер был конфискован жандармерией. Родственникам девушки было предложено в строжайшей тайне вывезти тело из Майерлинга и захоронить на кладбище неподалеку от Майерлинга. Вечером два родственника Марии — Бальтацци и Штокау — вошли в спальню кронпринца. Они одели Марию, вынесли тело и усадили в карету. Спутники поддерживали тело слева и справа, а сзади вдоль спины привязали палку от метлы. Карету сопровождали полицейские. На кладбище приехали уже ночью. Могильщики отказались работать ночью, да еще в непогоду. Родственники сами вырыли могилу. Даже мать не смогла присутствовать на похоронах — ее фактически выслали из Австрии. Отправили в изгнание и графиню Лариш. Кронпринц был похоронен в усыпальнице Габсбургов, с соблюдением всех обрядов и традиций, но в узком кругу самых близких родственников. Им не дали быть вместе при жизни, их разлучили и после смерти.
Следует отметить, что в минуты невыносимого горя только что получившая известие о гибели сына Елизавета выказала нечеловеческую выдержку. Именно она сделала то, на что не решился никто другой — сообщила мужу, что их сына больше нет. Она первой увидела Рудольфа в гробу, укрытого по грудь белым саваном. Только в эти страшные минуты, пока муж еще не появился, она дала волю своему отчаянию, упав на колени перед мертвым телом сына.
В эти часы, наполненные траурными церемониями и скопищем по большей части чужих ненужных лиц, Елизавета старалась держаться из последних сил, и ей это удалось. Под густой черной вуалью никто не видел ее лица, превращенного в скорбную маску. Франц Иосиф, постоянно держа в поле зрения ее окаменевшую фигуру, умолял ее не присутствовать на церемонии погребения. После того кошмарного дня глубокой ночью Елизавета незаметно вышла из дворца. Первый фиакр, встреченный ею в этот глухой час, отвез ее к монастырю Капуцинов, где только что похоронили Рудольфа. Отказавшись от услуг монаха, она медленно спустилась в склеп, освещенный тусклым светом факелов… Она хотела понять, что же случилось с ее мальчиком.
О гибели Рудольфа и Марии ходили самые разные слухи и сплетни. Говорили, что кронпринц убит из-за какого-то романа или интрижки, не исключали и дуэль; подозревали внутренний заговор, происки иностранных врагов и, конечно же, масонов; утверждали, что кронпринц свел счеты с жизнью из-за пьянства и наркотиков; что он подхватил «дурную болезнь» и заразил то ли жену, то ли любовницу; что Мария была беременна, сделала неудачный аборт и приехала в Майерлинг уже со смертельным кровотечением. Выдвигались и вовсе экстравагантные версии, например, что Мария узнала страшную тайну своего рождения — ее отцом был император Франц Иосиф!