Родился Отто Габсбург в 1912 году, в 1919 году вместе с семьей уехал из Австрии в Швейцарию. Учился принц в Лувенском университете в Бельгии, где в 1935 году стал доктором философии. Его молодость пришлась на очень тяжелое время: в Германии к власти пришел Гитлер, и молодой Габсбург предпринял отчаянную попытку спасти свою родину — накануне аншлюса Австрии он уговаривал тогдашнего австрийского канцлера Курта Шушнига отказаться от своего поста в его, Отто, пользу. Таким образом он надеялся побудить к действию западные демократии и сохранить независимость Австрии. Шушниг на это не пошел, да и представить, что Гитлер остановился бы перед Габсбургом, невозможно. В результате, Отто Габсбург стал одним из личных врагов фюрера, его заочно приговорили к смерти, лишив предварительно гражданства и имущества, а его кузенов бросили в Дахау. Но Отто продолжал сопротивляться режиму: почти 15 тысяч человек обязаны ему своим спасением из нацистского ада.
В годы войны Отто фон Габсбург находился в США, где делал все возможное, чтобы мир признал Австрию жертвой оккупации, а не пособницей Гитлера, пытался организовать австрийский батальон, добивался решения об отделении Австрии от Германии. Существование современной независимой Австрии — во многом заслуга Отто фон Габсбурга, а в более широком, даже символическом смысле, дар династии австрийскому народу. Послевоенная Австрия, надо сказать, с подозрением отнеслась к своему защитнику. Много лет его паспорт был недействителен именно в Австрии, а гражданство Отто получил только в 1965 году, отказавшись от привилегий и права на престол.
Долгие годы Отто фон Габсбург занимался политической деятельностью, причем, как правило, за пределами Австрии, например, состоял в жюри Немецкой федерации изгнанников, которая присуждает награды Франца Верфеля политикам, художникам, философам за защиту прав человека против геноцида, этнических чисток и преднамеренных разрушений национальных, расовых и религиозных групп.
«Великим европейцем» назвал доктора Отто фон Габсбурга председатель Еврокомиссии Жозе Мануэл Баррозу за его деятельность по объединению Европы. В 1957 году Габсбург стал вице-президентом Международной Пан-Европейской Организации, а в 1973–2004 годах возглавлял ее. Этот союз был создан австрийским философом Рихардом Николаусом Куденхове-Калерги в 1922 году, когда европейские интеллектуалы искали пути предотвращения войн и объединения Европы.
Среди участников этой организации Альберт Эйнштейн, Томас Манн, Зигмунт Фрейд, Конрад Аденауэр. Отто фон Габсбург наравне с ними считается одним из отцов Объединенной Европы.