В замке была оборудована аптека, где Филиппина могла проводить опыты по смешиванию трав и эссенций, приготовлению мазей, микстур и снадобий. Она изучала существовавшую тогда литературу по фармакологии, медицине и ботанике. Она снабжала снадобьями членов своей семьи, окрестных жителей, османских пленных, а также одного «московита» (пленника? купца?).
Надо помнить, что такого рода увлечение в те далекие времена отнюдь не было безобидным, это было часто связано с риском быть заподозренной в колдовстве. Почти каждое необычное увлечение или дарование, тем более в сочетании с необыкновенной красотой, могли иметь печальные последствия, слишком тонка была грань между знахарством и «пактом с дьяволом». Но к счастью для Филиппины ее положение было довольно высоким в сравнении с другими знахарками, чтобы кто-то посмел выдвинуть подозрение против нее. В 1576 году вопрос об официальном признании брака снова встал ребром. Старший сын Фердинанда Андреас готовился к посвящению в кардиналы, и для этого необходимо было подтверждение его рождения в законном браке. После показаний свидетелей, которые присутствовали при венчании в Брежнице, брак был официально признан Папой Римским. Наконец супруги могли показываться на людях и вместе наносить официальные визиты. Брак был признан законным, но не «равным», то есть супруга не носила титул эрцгерцогини, а дети не имели права престолонаследования. Через пару столетий такой брак назвали бы морганатическим.
Гости охотно посещали замок Амбрас. Не только потому, что там устраивались театрализованные и музыкальные представления, лотерейные розыгрыши, но также не в последнюю очередь потому, что в замке отменно готовили и любили вкусно поесть. Некоторые европейские дворяне посылали своих поваров на обучение в Амбрас. По сохранившимся домовым книгам и счетам можно судить, насколько разнообразно было питание. В обычные дни к столу подавали 24 блюда. Ежедневно кухня замка потребляла тысячу фунтов мяса, не считая дичи, 100 фунтов жира. Филиппина, как верующая католичка, строго следила за соблюдением постов. Во время постов рыба заказывалась тоннами, сыр из Голландии — центнерами. Устрицы, виноград и цитрусовые завозились из Италии. Когда к обеду ожидались особо почетные гости, Филиппина с теткой лично контролировали процесс приготовления блюд на кухне.
С годами Филиппина чувствовала себя все хуже и хуже. К постоянным болям внизу живота добавились боли в печени, частое головокружение, ноги стали опухать. Ее личный врач посоветовал ей посетить Карлсбад (Карловы Вары), который славился своим целительным влиянием на различные недуги. После посещения курорта вместе с супругом наступило кратковременное облегчение, и Филиппина могла снова исполнять свои обязанности хозяйки замка. Но вскоре болезнь обострилась. Она держалась мужественно, не показывала виду, что ей тяжело подолгу стоять, что что-то щемит в груди и ей не хватает воздуха, порой ей приходилось спать сидя. Как раз в этот момент большим ударом для Филиппины стала смерть тетки Катарины, которая много лет была ее опорой и советчицей.