Психические расстройства у императора имели свои причины. Первые признаки недуга проявляются у него в конце 1580-го — начале 1581 года. До тех пор у Рудольфа, как ни странно, не наблюдалось никаких признаков заболевания. Потом, на протяжении нескольких месяцев, он страдает длительной и серьезной болезнью, о которой, к сожалению, в первоисточниках отсутствуют более подробные сведения. Однако, похоже, что речь шла об инфекционной болезни, сопровождавшейся повышением температуры. Говорилось о люэсе (morbus gallikus), то есть сифилисе, но никаких более подробных сведений об этой болезни (в то время уже хорошо известной) не приводится. По всей вероятности, речь шла о хронической инфекции. После этого Рудольф изменился, но приступы депрессии еще были редкими, а об агрессии пока не было и речи.
Второе, а затем третье ухудшение произошло после сильных стрессов. Здесь необходимо подчеркнуть, что к Рудольфу, который так никогда и не женился, на протяжении многих лет проявляли интерес сразу несколько европейских принцесс. Со временем у них находились другие партнеры, и это Рудольф воспринимал как смертельную обиду. Когда в 1598 году стало известно, что на стареющей невесте Рудольфа Изабелле Кастильской женится его брат, эрцгерцог Альбрехт, болезнь Рудольфа усугубилась. Но куда более острый приступ депрессии произошел в тот момент, когда в 1600 году, прибыв в Прагу, французский посол сообщил о женитьбе своего короля на Марии Медичи, еще одной из «запасных» невест Рудольфа. Тогда у короля ярко проявились агрессивные состояния параноидального характера. И он сорвал злость на монашеском ордене капуцинов, обвинив его в предательстве, и на людях из ближайшего окружения — гофмейстерах Румпфе и Траутсоне. Обоих Рудольф выгнал, а Румпфу даже угрожал кинжалом.
Ухудшение психического состояния Рудольфа происходило после обид (в данном случае в большинстве своем реальных), наносимых ему его братом Маттиасом после подписания Венского, а затем Либеньського мира. В конце концов после грамоты о свободе вероисповедания (1609) Рудольф почти полностью забрасывает личные и государственные обязанности: он лишь время от времени пробуждается от апатии, и только мания преследования изредка заставляет его заняться хотя бы на время делами. Это как раз и приводит Рудольфа к безумной авантюре с Леопольдом из Нассау, за которую ему пришлось поплатиться чешским престолом. Из одного из приступов меланхолии Рудольфа на время вывел врач-иезуит Писториус, удерживавший монарха рядом с его художественными коллекциями чаще, чем у государственных дел.