Современники утверждали, что Рудольф II был человеком мягким, но в то же время замкнутым, избегал встреч с людьми. Говоря о его характере, обычно употребляют слово «меланхолия», которое тогда входило в моду в связи с возобновившимся интересом к Гиппократу. Рудольф с преувеличенной гордостью воспринимал свою миссию властелина по милости Божьей, что было очевидным последствием его воспитания в Испании. Часто он преувеличивал и свои способности в качестве монарха, мнил себя великим военачальником, хотя никогда не был даже в военном лагере, не говоря уже о военных сражениях.
Депрессивное и агрессивное состояния чередовались у Рудольфа, но в промежутках между ними были периоды, когда он вел себя совершенно нормально, хотя и предпочитал одиночество. Доходило до того, что официальные лица и делегации ожидали аудиенции у императора много дней и даже недель. Боязнь потерять власть и щепетильность во всем, что могло бы уязвить его императорское величие, также стали одной из причин психического заболевания Рудольфа. Сегодня трудно установить, к какой категории психических расстройств относилось его заболевание: сведений о болезни Рудольфа явно недостаточно для точного диагноза. Но те психические симптомы, о которых у современных медиков имеются сведения, до некоторой степени объясняют болезненное состояние Рудольфа.
В соответствии с одной из психологических классификаций, Рудольфа действительно можно назвать меланхоликом. При этом свою слабую нервную систему он подрывал сам, так как он неустанно искал наслаждений в объятиях красивых женщин… Вдруг в разгар увеселений его охватывала мания преследования, которая переплеталась с манией величия, и затем начинались приступы гнева и мстительности по отношению ко всем действительным и воображаемым недругам. При этом он совершал опасные и безрассудные поступки, а иногда начинал делать все возможное для уничтожения мнимого противника, чтобы показать, насколько он еще всесилен. При таком напряжении нервы Рудольфа сдавали, силы покидали его, и императора охватывала апатия, во время которой он никого не подпускал к себе, не заботясь уже о начатых ранее делах. Только боязнь новых приступов заставляла его опять собраться с духом, но очень скоро вновь приходила усталость. И все же болезнь никогда не выводила его из строя полностью. Приведенные выше сведения взяты из работы чешского историка Берджиха Новака, который после тщательного изучения первоисточников описал нервно-психический недуг Рудольфа II. Причем ученый, довольно точно описывая маниакально-депрессивные настроения монарха и анализируя состояния агрессии, параноидальный комплекс больного, не в последнюю очередь подчеркивал сексуальную распущенность Рудольфа.