Но все это делалось только с одной и высокой целью — воссоздать Универсум. Коллекция делилась на «naturalia» — природные экспонаты, «artificialia» — артефакты, «scientifica» — научные приборы и инструменты. При дворе создавали и живые коллекции. На Пражском Граде были разбиты оранжереи, сады с редкостными растениями. Рудольф также стал обладателем красивейших райских птиц синего цвета, которые впоследствии получили его имя — «Paradisaes Rudolphi». Минералы, руды, драгоценные камни поражали своим многообразием. За всем этим для рудольфинцев стояло многообразие мира, жизнь которого переплетена с жизнью человека. При дворе господствовал знаменитый принцип герметизма, изложенный в Изумрудной скрижали: «Все, что есть наверху, есть и внизу. Все, что есть внизу, есть наверху. И все это для того, чтобы явлена была тайна Единства».
В коллекциях Рудольфа явно виден квалифицированный отбор, этим они значительно отличались от обычных в то время собраний предметов искусства. Император проявил свой действительно тонкий вкус уже в том, что он с таким рвением собирал произведения старого искусства (прежде всего Дюрера), а также и в том, что из художников, более близких к нему по возрасту, он призвал к своему двору настоящих мастеров. Нужно сказать, что встречаются и прямо противоположные оценки деятельности Рудольфа как коллекционера и покровителя искусств.
Некоторые исследователи считают, что Меценат Богемии, как часто называли Рудольфа, проявлял только экстравагантность и капризность. Он тратил на коллекции огромные средства, однако в этом коллекционировании не было никакой цели, системы: он собирал великолепные образцы творчества художников и скульпторов, исторические экспонаты, всевозможные древности и складывал их в комнатах замка, никак не пытаясь их рассортировать, и они в беспорядке накапливались в коридорах и огромных залах его дворца.
С бесценными произведениями искусства, редкими и представлявшими большой исторический интерес, в ужасном беспорядке смешивались совершенно никчемные и уродливые вещи, купленные императором то ли по недосмотру и невежеству, то ли опять же из легковерия. Это были уродливые звери с множеством голов и неправильным числом ног, зубы русалки, изловленной в Эгейском море, рог единорога, перо феникса, челюсти саламандры и другие артефакты сомнительного происхождения. Бесстыдные же торговцы антиквариатом предлагали императорским агентам шляпу и сапоги князя Пржемысла и даже пару железных гвоздей из Ноева ковчега!
Рогом единорога в действительности был бивень нарвала, считавшийся панацеей от множества заболеваний. Образец, хранившийся в Дрездене, стоил при пересчете на современные деньги около семидесяти пяти тысяч долларов, а в редких случаях, когда от него отрезали кусочек для использования в медицинских целях, на церемонии должны были присутствовать по крайней мере два свидетеля благородной крови. Упомянутый князь Пржемысл был одним из полумифических героев Богемии, который, будучи простым фермером, женился на богемской княжне и был столь мудр и благочестив, что народ возвел его на трон. Космас, историк XI века, писал: «Сапоги Пржемысла до сих пор хранятся в его доме в Вышеграде».