Богемский историк Йозеф Сватек называет «кунсткамеру» Рудольфа довольно безалаберной коллекцией. Там можно было встретить мумии и египетские украшения, предметы быта американских индейцев, чучела птиц и птичьи яйца со всех концов света, поделки из слоновой кости всех форм, размеров, а также выдающегося качества маленький серебряный алтарь, украшенный золотом, всяческие часы, обширнейшее собрание древнего оружия и доспехов (частично все это сохранилось в музее Вены), огромное венецианское зеркало из полированного металла, тысячи монет и медалей, камеи, восточный фарфор, бронзовые фигуры, античные вазы, гипсовые статуэтки, мраморные статуи и картины. Картины украшали стены комнат, заполненных перечисленными объектами, и, строго говоря, никакой «картинной галереи» не существовало, а было не менее семисот шестидесяти четырех холстов работы Рафаэля, Корреджо, Паоло Веронезе, Леонардо да Винчи, Джулио Романо, а также лучших художников испанской и фламандской школ. Часть из них в 1580 году была перекуплена галереей Имхофф в Нюрнберге, в частности, «Святой Варфоломей» Рафаэля, «Бахус, Диана и Венера» Париса Бордо из Вены, «Авраам, Сара и Агарь» фон Пентца и «Сожжение Содома и Гоморры» Дюрера вместе с его книгой набросков. Стоит отметить, что коллекция Рудольфа была очень богата работами Альбрехта Дюрера, и император предпринимал все меры для их защиты: картина «Пир розенкрейцеров», написанная в 1505 году для церкви Святого Варфоломея в Вене и купленная Иоганном фон Аахеном за огромную сумму, была перенесена через Альпы на плечах четырех верных и отважных слуг, благодаря чему прекрасно сохранилась.
Все эти великолепные картины размещались в замке без всякой системы, и редко случалось так, чтобы к картине была прикреплена табличка с именем ее создателя, хотя зачастую были отмечены места, где они были написаны. Никто не позаботился о том, чтобы висящие на стенах шедевры были подобающим образом освещены или размещены так, чтобы на них удобно было любоваться. Было неясно, каков возраст той или иной работы и к какой школе она принадлежит. Когда один зал или коридор наполнялся до отказа диковинками и картинами, открывали соседний и точно так же заполняли его неупорядоченными коллекциями. Следует, тем не менее, заметить, что все это происходило не по вине Страды, Иоганна фон Аахена и других, во всем этом беспорядке повинна была главным образом воля императора, который считал сокровища своей собственностью, а потому не рассматривал их как возможный источник чужого восхищения или тем более обучения. Рудольф пригласил множество художников, чтобы они украсили дворец и написали для него картины, но все эти художники вынесли не слишком много из созерцания шедевров старых мастеров и не оставили сколь-нибудь значительных следов своего пребывания при дворе Рудольфа. Напротив, некоторые из них в ответе за варварское уничтожение старых фресок в замке Карлштайн, поверх которых они изобразили своими грубыми кистями библейские сцены полуварварского содержания, а один из неизвестных мастеров «украсил» Деву Марию сиянием, которое покрывало часть ее фигуры пошлой золотой бахромой.